A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

A

Abiotique
Facteurs physico-chimiques caractérisant un écosystème donné. Opposables aux facteurs biotiques, ils constituent une partie des facteurs écologiques de cet écosystème. Les facteurs climatiques (température, lumière, air..), chimiques (gaz de l’air, éléments minéraux..) sont des facteurs abiotiques. Un milieu abiotique est inapte au développement de la vie.

ABO glycosyl-transférase
Glycosyl-transférase particulière impliquée dans le système ABO (premier système de groupe sanguin découvert en 1900-1901). Les glycosyl-transférases sont des enzymes permettant le transfert de résidus comportant des sucres sur des protéines. Les glycosyl-transférase A et B diffèrent de 4 acides aminés seulement mais ne catalysent pas exactement la même réaction : la transférase A transfère le N-acétylgalactosamine et la transférase B transfère le galactose par une liaison α1,3 sur le galactose de la chaîne osidique H. Elles induisent respectivement l’appartenance d’un individu au groupe A ou B. Lorsque les deux transférases sont présentes, l’individu est de groupe AB. Dans le cas d’un individu de groupe O, la protéine est inactive et la chaîne H n’est pas glycosylée.

Acide abscissique (ABA)
L’acide abscissique (ABA, pour abscisic acid) est une phytohormone (hormone végétale). Cet acide est un sesquiterpénoïde dont la molécule comporte 15 carbones : C₁₅H₂₀O₄.

Acide organique
Composé organique (comportant des atomes de carbone) présentant des propriétés acides, c’est-à-dire capable de libérer un cation (ion chargé positivement) H⁺, ou H₃O⁺ en milieux aqueux. L’acide formique, l’acide malique sont des acides organiques.

Acide salicylique
L’acide salicylique ou acide 2-hydroxybenzoïque est un composé organique aromatique, l’un des trois isomères de l’acide hydroxybenzoïque, constitué d’un noyau benzénique substitué par un groupe carboxyle (acide benzoïque) et un groupe hydroxyle (phénol) en position ortho. On le trouve naturellement dans certains végétaux, dont le saule blanc (d’où il tire son nom). Il est utilisé comme médicament et comme précurseur de l’acide acétylsalicylique, l’aspirine.

Adret
Se dit du versant d’une montagne le plus ensoleillé d’une vallée (en général orienté vers le sud), opposé à l’ubac. Terme surtout employé dans les Alpes. L’adret est le versant le plus favorable à la végétation, aux cultures et à l’habitat.

ADN
Abréviation pour acide désoxyribonucléique. Macromolécule constituée de monomères nucléotidiques formés d’une base azotée (adénine, cytosine, guanine ou thymine) liée au désoxyribose, lui-même lié à un groupe phosphate. C’est un acide nucléique, au même titre que l’acide ribonucléique (ARN). Présent dans toutes les cellules ainsi que chez de nombreux virus, l’ADN contient l’information génétique, appelée génome, permettant le développement, le fonctionnement et la reproduction des êtres vivants. Les molécules d’ADN des cellules vivantes sont formées de deux brins antiparallèles enroulés l’un autour de l’autre pour former une double hélice.

Aérobie
Caractérise à un système (par exemple un organisme vivant) ou un processus (comme la respiration) qui nécessite du dioxygène. Le terme aérobie est aussi utilisé en aéronautique, dans le domaine de la propulsion : un moteur aérobie utilise le dioxygène de l’air ambiant comme comburant pour son fonctionnement.

Afforestation (ou boisement)
Création d’une forêt sur des terres qui historiquement n’en portaient pas, ou/et où la végétation ou l’utilisation précédente des terres n’était pas une forêt (Watson et al. 2000, Land use, land-use change and forestry: a special report of the Intergovernmental Panel on Climate Change, Cambridge University Press, pp.388)

Albedo
Pouvoir réfléchissant d’une surface, soit la fraction de l’énergie solaire qui est réfléchie vers l’espace. Sa valeur est comprise entre 0 et 1. Plus une surface est réfléchissante, plus son albédo est élevé.

Aléa
Événement (d’origine naturel ou anthropique) qui peut causer des dommages (le risque) à la société ou l’environnement.

Allèle
Se dit de l’une ou l’autre de deux ou plusieurs variantes d’un gène qui ont la même position relative sur les chromosomes homologues et qui sont responsables de caractéristiques alternatives. Un allèle peut donc correspondre à une seule séquence, ou à un ensemble de séquences différentes mais distinguables au niveau du phénotype. (exemple de la couleur des yeux bleu/marron/vert : au niveau du nucléotide on a plusieurs allèles différents par couleur).

Aldéhyde
Composé organique, faisant partie de la famille des composés carbonylés, dont l’un des atomes de carbone primaire (relié au plus à 1 atome de carbone) de la chaîne carbonée porte un groupement carbonyle (RCHO). L’aldéhyde le plus simple (R réduit au seul atome H) est le formaldéhyde, aussi appelé formol.

Alizés
Vents réguliers soufflant principalement d’Est en Ouest à proximité des tropiques. Ils convergent des hautes pressions tropicales vers la zone de basse pression équatoriale, et sont déviés vers l’Ouest par la  force de Coriolis.

Alkoxyle
En chimie, un groupe alkoxyle (souvent désigné par groupe alkoxy) est une espèce chimique de type monoradicalaire constituée d’un groupe alkyle lié à un atome d’oxygène : R-O^•, H-O-R ou encore R₁-O-C_nH_2n-O-R₁.

Amygdale (cerveau) ou complexe amygdalien
Noyau pair situé dans la région antéro-interne du lobe temporal au sein de l’uncus, en avant de l’hippocampe et sous le cortex péri-amygdalien. L’amygdale fait partie du système limbique et est impliquée dans la reconnaissance et l’évaluation de la valence émotionnelle des stimuli sensoriels, dans l’apprentissage associatif et dans les réponses comportementales et végétatives associées en particulier dans la peur et l’anxiété. L’amygdale fonctionnerait comme un système d’alerte et serait également impliquée dans la détection du plaisir.

Aminoacyl ARNt synthétases
Famille d’enzymes qui catalysent l’estérification des acides aminés sur l’extrémité 3′ des ARN de transfert (ARNt). Conservées chez tous les organismes vivants, ces enzymes participent à la traduction du message génétique en protéines. Les acides aminés ainsi ajoutés à l’extrémité des ARNt sont ensuite incorporés par le ribosome dans la chaîne polypeptidique (protéine) en cours de synthèse. Il existe une aminoacyl-ARNt synthétase pour chacun des 20 acides aminés présents dans les protéines. Chacune de ces enzymes reconnaît un acide aminé et un ou plusieurs ARNt isoaccepteurs. Leur fonction est essentielle à la fidélité de la traduction du code génétique, car c’est elles qui garantissent que l’acide aminé ainsi estérifié à l’extrémité de l’ARNt correspond bien au bon anticodon.

Amorces
Séquences oligonucléotidiques utilisées lors des réactions de PCR (abréviation anglaise de Polymerase Chain reaction). Elles définissent, en la bornant, la séquence à amplifier.

Amniotes
Taxon de vertébrés regroupant les espèces chez lesquelles l’embryon puis le fœtus sont protégés par un sac amniotique, appelé amnios. Le petit, qui se développe dans une coquille ou l’utérus maternel, grandit dans un milieu aqueux, préservé grâce à l’amnios. Cette caractéristique a permis à ces animaux de coloniser le milieu terrestre et de s’extraire définitivement du milieu aquatique. Les amniotes regroupent les reptiles, les oiseaux et les mammifères.

Amphibiens
Anciennement appelés batraciens, les amphibiens forment une classe de vertébrés tétrapodes regroupant environ 7000 espèces.  La grenouille, le crapaud, le triton, la salamandre sont des amphibiens. Ils ont la particularité d’avoir une vie larvaire aquatique et une vie adulte aérienne.

Amphipathique
Molécule (en général organique) portant à la fois un groupement hydrophile (pouvant se lier à l’eau) et un groupement hydrophobe (« qui n’aime pas l’eau »).

Amplicons
Fragment d’ADN amplifié par PCR (abréviation anglaise de Polymerase Chain reaction – réaction en chaîne par polymérase).

Anaérobie
Anaérobie signifie « vivant, actif, survenant ou existant en l’absence du dioxygène », par opposition à aérobie qui signifie « vivant, actif ou se produisant uniquement en présence de dioxygène ».

Analyse phylogénétique
Analyse cherchant à établir les relations de parentés entre les êtres vivants. Elle est principalement fondée sur la cladistique, une méthode de reconstruction phylogénétique formalisée en 1950 par Willi Hennig.

Anémochore
Plante dispersée par le vent.

Année hydrologique
Pour les glaciers elle s’étale du début de la saison d’accumulation à la fin de la saison d’ablation suivante

Anomalocarididé
Groupe de prédateurs fossiles du Paléozoïque. L’un d’eux, Anomalocaris « étrange crevette » mesurant plus d’un mètre de longueur était un chasseur géant adapté à la nage et à la capture de proies.

Anoxie
Induite par une insuffisance d’apport en oxygène dissous dans les cellules de l’organisme. Chez les animaux, désigne une diminution de la quantité d’oxygène distribuée par le sang aux tissus. L’anoxie peut être causée par une insuffisance cardiaque, une pneumopathie ou l’anémie, entre autres. Au niveau de la peau et des muqueuses, l’anoxie provoque une cyanose, c’est-à-dire une coloration bleue-violacée. Le cerveau est un des organes les plus sensibles à l’anoxie. En écologie et hydrobiologie, l’anoxie est une diminution de l’oxygène dissous ou présent et biodisponible dans le milieu (sol, sédiment, eau, atmosphère..). Pour les végétaux, l’anoxie s’exerce notamment dans le sol, en période d’inondation, au niveau racinaire.

Anthélie
Par rapport à l’observateur, c’est le point opposé au Soleil (helios). Se dit aussi des halos atmosphériques visibles en ce point.

Anthropisé (anthropisation)
En écologie, transformation de paysages, d’écosystèmes ou de milieux semi-naturels sous l’action de l’homme.

Anthropocène
Néologisme associant les mots grecs « homme » et « récent », forgé par le météorologue et chimiste de l’atmosphère Paul Crutzen, prix Nobel de chimie en 1995, pour désigner une nouvelle époque géologique. L’anthropocène aurait débuté avec la révolution industrielle et succéderait ainsi à l’Holocène, l’époque géologique après la dernière glaciation et qui couvre les dix derniers millénaires.

Anthropocentrisme
Conception philosophique qui considère l’homme comme l’entité centrale la plus significative de l’Univers et qui appréhende la réalité à travers la seule perspective humaine. Aristote fut le premier à en développer la théorie, en même temps que celle du géocentrisme.

Antibiotique
Substance naturelle ou ou produite par synthèse chimique qui empêche la croissance des bactéries (bactériostase) voire les détruit (bactéricidie).

Antiparallèle
En biochimie, on dit que deux biopolymères sont antiparallèles s’ils sont orientés parallèlement l’un à l’autre, mais en sens opposé. Les deux principaux exemples de cette configuration moléculaire sont la double hélice de l’ADN et le feuillet β des protéines.

Aphélie
Point de l’orbite d’une planète le plus éloigné du Soleil.

Apomixie (Botanique)
Production de graines identiques à la plante mère sans fécondation. L’apomixie transmet des mutations somatiques (mutation survenant dans une cellule non germinale), permettant ainsi la création de diversité.

Apoplasme (synonyme : apoplaste)
Continuum extracellulaire formé par les parois pectocellulosiques des cellules et les espaces vides entre les cellules végétales. L’eau et les solutés peuvent y naviguer par diffusion passive non sélective.

Aquaporine
Classe de protéines membranaires qui forment des « pores » perméables aux molécules d’eau (en particulier) dans les membranes biologiques.

Aracées
Famille (environ 3500 espèces) de plantes monocotylédones, arbustes ou plantes herbacées, parfois arborescentes des régions subtropicales, tropicales, et, en nombre réduit, des régions tempérées. Appartient à cette famille l’arum titan (Amorphophallus titanum), originaire de Sumatra, la plus grosse inflorescence de cette famille. On peut citer en France le gouet tacheté (Arum maculatum).

Arbre phylogénétique
Représentation schématique des relations de parenté entre des groupes d’êtres vivants. Chacun des nœuds de l’arbre représente l’ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu’il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l’ancêtre qui reste impossible à déterminer. L’arbre peut être enraciné ou pas, selon qu’on est parvenu à identifier l’ancêtre commun à toutes les feuilles.

Archées
Microorganismes unicellulaires dépourvus noyau vivant en dans des milieux extrêmes (anaérobies, à forte salinité, très chauds…). Les recherches phylogénétiques de Carl Woese et George E. Fox (1977) ont permis de différencier les archées des autres organismes.  Actuellement, on considère que le vivant est constitué de trois groupes : les archées, les bactéries et les eucaryotes.

ARN
Acide ribonucléique, macromolécule constituée d’un enchaînement de ribonucléotides (adénine, cytosine, guanine, uracile) reliés entre eux par des liaisons nucléotidiques et exerçant de nombreuses fonctions au sein de la cellule. C’est un acide nucléique, au même titre que l’ADN.

ARN-génome
L’ARN devient réplicable, sous la forme d’une double hélice d’ARN. Selon la loi de complémentarité, une copie de l’ARN intervient comme matrice de la genèse des peptides.

ARN-métabolisme
Les molécules d’ARN ont la capacité de catalyser des réactions entre divers métabolites, ce sont les ribozymes.

Arthropodes
Embranchement d’animaux invertébrés (insectes, araignées, mille-pattes, crustacés…) dont le plan d’organisation est caractérisé par un corps segmenté avec des appendices articulés et recouvert d’une cuticule ou d’une carapace rigide, qui constitue leur exosquelette, dans la plupart des cas constitué de chitine. Apparus il y a 543 millions d’années, l’embranchement des arthropodes est de très loin celui qui possède le plus d’espèces et le plus d’individus de tout le règne animal (80 % des espèces connues).

Ascendance
Mouvement d’air vertical dirigé du sol vers le haut.

ATP
Abréviation d’adénosine triphosphate. Nucléoside triphosphate composé d’adénine (base azotée), de ribose (sucre à 5 atomes de carbone) et de trois groupes phosphate formant un groupe triphosphate. Composé à la fois donneur et accumulateur d’énergie présent chez tous les organismes vivants. Sert également de matériaux de construction pour la synthèse des acides nucléiques.

Atterrissement
Dépôt de matériaux alluvionnaires apportés notamment lors des phases de crues par le cours d’eau et formant des bancs qui modifient la dynamique fluviale.

Aurore polaire
Draperies lumineuses des nuits polaires, dues à la luminescence de la haute atmosphère lors de chutes de particules électrisées en provenance du Soleil.

Auto-réplication
Action de se copier ou reproduire soi-même.

Autotrophie
Capacité pour un organisme à produire de la matière organique à partir de la réduction de matière inorganique et d’une source d’énergie externe lumière (photoautotrophie) ou réactions chimiques (chimioautotrophie).

Axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (HHS en abrégé) ou axe corticotrope
L’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien est formé par l’hypothalamus, l’hypophyse et la glande adrénale (ou surrénale) qui libère des hormones tel que le cortisol (l’hormone du stress). Il relie les systèmes nerveux central et endocrinien. Il est au cœur des réponses biologiques de stress et de résilience, de concert avec le système nerveux autonome et les processus comportementaux d’adaptation.

Axénique
Caractérise une culture (de cellules procaryote ou eucaryote, d’organismes) exempte de tous germes saprophytes ou pathogènes.

Azote réactif
Tous les composés azotés biologiquement, photochimiquement ou radiativement actifs dans l’atmosphère et la biosphère terrestre et aquatique. Ces composés incluent les formes réduites de l’azote (telles que l’ammoniac, NH₃) ou oxydées (telles que les oxydes d’azote, NO_x ; l’acide nitrique, HNO₃ ; le protoxyde d’azote, N₂O ou le nitrate, NO₃^–), et les formes organiques (urées, amines, protéines, acides nucléiques, etc.).

B

Bactérie Gram
Bactéries mises en évidence par une technique de coloration appelée coloration de Gram, elles apparaissent alors roses au microscope. La technique de coloration repose sur les caractéristiques membranaires et de paroi de la bactérie. Néanmoins, il ne s’agit pas d’un facteur de classement phylogénétique en effet, les groupes ‘Gram +’ et ‘Gram -‘ sont tous deux non-monophylétiques.

Basalte
Roche volcanique sombre issue d’un magma refroidi rapidement.

Base azotée
Composés organiques azotés présents dans les acides nucléiques sous forme de nucléotides dans lesquels elles sont liées à un ose, le ribose dans le cas de l’ARN et le désoxyribose dans le cas de l’ADN. En génétique, on les désigne souvent simplement comme les bases des acides nucléiques.

Bas-marais alcalins
Terrain saturé d’eau, sans écoulement naturel possible, à pH basique ou neutre.

Battance (croute de)
Quand les horizons de surface présentent des agrégats très fragiles (en conséquence d’une granulométrie limoneuse et d’une faible teneur en matières organiques), il se forme, sous l’impact des gouttes de pluie, une mince croûte (0,5 à 5 mm) finement litée, plus ou moins continue. Cette croûte de battance fait obstacle à l’infiltration de l’eau dans le sol. Il en résulte la formation de flaques d’eau et, souvent, du ruissellement dans la parcelle, stade initial de l’érosion hydrique.

Biocénose
Ensemble des êtres vivants qui coexistent dans un milieu donné (le biotope). Un biotope et sa biocénose sont en interactions constantes ; ils constituent un écosystème.

Biologie de la conservation
Discipline traitant des questions de perte, maintien ou restauration de biodiversité. Discipline de synthèse qui applique les principes de l’écologie, de la biogéographie, de la génétique des populations, de l’anthropologie, de l’économie, de la sociologie, etc., au maintien de la diversité biologique sur l’ensemble de la planète.

Biologie intégrative
Discipline de la biologie qui concerne la description intégrée des multiples phénomènes intervenant dans les divers niveaux des organisations structurale et fonctionnelle hiérarchiques du vivant.

Biomasse
Matière organique qui compose les êtres vivants et leurs résidus, qu’elle qu’en soit l’origine (plantes, bactéries, animaux, champignons…), présents à un moment donné dans un biotope particulier. Elle est toujours composée de carbone. D’un point de vue énergétique, la biomasse représente l’énergie que l’on peut obtenir par combustion ou fermentation de matière vivante.

Biome
Ensemble d’écosystèmes caractéristiques d’une aire biogéographique. Un biome est l’expression des conditions écologiques du lieu (climat, sols, etc.) ; il est défini par une végétation présentant une forme de vie (arbres, arbustes, plantes herbacées) dominante qui reste stable au fil des générations. Les forêts tropicales ou tempérées décidues (c’est-à-dire peuplées de très grands arbres aux feuilles caduques), les mangroves, la toundra sont des exemples de biomes.

Biométrie
Science de la mesure du vivant. Désigne dans un sens très large l’étude quantitative des êtres vivants.

Biosphère
Milieux de la Terre adaptés et/ou entretenus par les organismes vivants. Ils font partie intégrante des écosystèmes présents dans la lithosphère, l’hydrosphère et une partie de l’atmosphère. Cet espace vivant dynamique est entretenu par un apport d’énergie (essentiellement dû au Soleil) et le métabolisme des organismes vivants en interaction avec leur environnement.

Biotique
Ayant un rapport avec la vie. Les facteurs biotiques d’un écosystème sont la flore et la faune ainsi que les relations qu’ils ont entre eux. Milieu dans lequel la vie peut se développer.

Biotope
Lieu de vie ayant des caractéristiques physiques et chimiques déterminées relativement uniformes. Ce milieu héberge un ensemble de formes de vie composant la biocénose flore, faune, micro-organismes. Un biotope et la biocénose qu’il accueille forment un écosystème.

Bioturbation
Phénomène de mélange actif des couches de sol ou d’eau par les espèces vivantes, animales principalement.

Bloom planctonique
Aussi appelé efflorescence planctonique. Prolifération relativement rapide de la concentration de quelques espèces d’algues, généralement appartenant au phytoplancton, dans un système aquatique d’eau douce, saumâtre ou salée. Elle se traduit généralement par une coloration de l’eau (rouge, brun, brun-jaune ou vert). Ces couleurs sont dues aux pigments photosynthétiques dominants des algues impliquées. Le phénomène peut être naturel ou favorisé par des pollutions (nitrates, phosphates).

Bryophytes
Embranchement du règne des végétaux, les bryophytes (mousses, hépatiques, sphaignes…) ne possèdent pas de véritable système vasculaire (absence de racines et de vaisseaux). Ils possèdent des thalles (tissus végétaux composés de cellules non différenciées où l’on ne reconnaît ni feuilles, ni tiges) ou de petites feuilles. Parmi les plantes actuelles, les bryophytes terrestres et aquatiques sont celles qui ont conservé le plus de caractères des premières plantes ayant colonisé la terre ferme. Les ancêtres de toutes les plantes terrestres, donc des bryophytes, sont des algues vertes Charophyceae.

Bulbille
Petit bulbe formé à la base d’un bulbe principal. Destiné à se détacher de la plante qui l’a produit et à donner naissance à une nouvelle plante.

C

Caldeira
Vaste dépression située au cœur de certains grands édifices volcaniques (comme le Piton de la Fournaise à la Réunion) et résultant d’une éruption qui vide la chambre magmatique sous-jacente

Calotte de glace
Masse de glace de taille continentale (milliers de km), qui s’écoulent sous son propre poids. Actuellement existent les calottes du Groenland et de l’Antarctique.

Canopée
Étage supérieur de la forêt, directement influencée par le rayonnement solaire. Considérée comme un habitat ou un écosystème en tant que tel, notamment en forêt tropicale où elle est particulièrement riche de biodiversité et de productivité biologique.

Cantilever (en ingénierie)
Un mur Cantilever est un mur de soutènement en béton armé constitué d’une semelle et d’un voile. L’intérêt de ce type de mur par rapport à un mur classique est que le sol qui s’appuie sur la partie arrière de la semelle participe à sa propre stabilité.

Caractère discret
Caractère d’un organisme vivant qui peut adopter uniquement des états bien distincts (exemples : noir ou blanc ; présence ou absence des dents de sagesse).

Carbohydrates
Anglicisme très largement utilisé désignant les glucides, historiquement appelés hydrates de carbone car on considérait que leur formule chimique était basée sur le modèle Cn(H₂O)p. Hydrates de carbone est devenu complètement obsolète en français.

Carbone organique total (COT)
Mesure la totalité des matières organiques carbonées présentes dans une eau, par oxydation thermique ou photochimique.

Carnitine
Acide aminé non essentiel qui intervient au sein de la cellule dans le transport des acides gras du cytosol vers les mitochondries lors du catabolisme des lipides dans le métabolisme énergétique. Souvent utilisée en tant que complément alimentaire.

Catalase
Enzyme catalysant les réactions d’oxydoréduction (ou oxydoréductase) héminique (qui renferme un hème (cofacteur contenant un atome de métal, souvent du fer), et qui catalyse la dismutation du peroxyde d’hydrogène en eau et dioxygène. On trouve la catalase chez tous les organismes aérobies (plantes, levure et animaux).

Catalyse
Action d’un élément qui accélère ou ralentit une réaction chimique. C’est en particulier le cas des enzymes.

Catalyseur
Élément (organique ou minéral) qui accélère ou ralentit une réaction chimique. Utilisé en très petite quantité et spécifique d’une réaction donnée, le catalyseur ne figure pas dans l’équation de la réaction ; il n’influence pas le sens d’évolution de la transformation, ni la composition du système dans l’état final. Une enzyme est un catalyseur biologique.

Catalyseur homogène
Catalyseur ayant la même phase (solide, liquide ou aqueuse) que les réactifs.

Cellule souche
Cellule indifférenciée capable d’engendrer des cellules spécialisées par différenciation cellulaire. Elles peuvent se maintenir par prolifération dans l’organisme ou indéfiniment en culture. Les cellules souches sont présentes chez tous les êtres vivants multicellulaires.

Chaetognathes
Embranchement (phylum) de prédateurs marins en forme de flèche dont le nom provient des crochets mobiles qui permettent la capture de leurs proies. Ils jouent un rôle majeur dans l’écosystème planctonique comme principaux prédateurs directs des copépodes et représentent jusqu’à 10 % de la biomasse du zooplancton.

Chaîne hercynienne
Chaîne de montagne qui se forme entre le Dévonien (−400 millions d’années) et la fin du Permien (-240 millions d’années). Cette chaîne est aujourd’hui érodée et la plupart des témoins géologiques de sa formation sont des roches métamorphiques et des granites, roches qui constituaient autrefois la racine profonde du massif. En France, la chaîne hercynienne correspond essentiellement au Massif Armoricain, au Massif Central et à une partie de la Corse. Ces massifs sont en général nommés massifs varisques.

Charbon actif
Solide sous formes de granulés ou de poudre, issus de la calcination de matériaux carbonés (bois, houille, noix de coco, …), présentant des propriétés d’adsorption importantes notamment vis à vis des micropolluants organiques (pesticides par exemple).

Charge solide
Quantité de matériel particulaire qu’un cours d’eau peut transporter sur une section donnée pendant un temps donné.

Chélicérates
Groupe d’arthropodes portant des chélicères, paire d’appendices proches de la bouche, correspondant à la deuxième paire d’antennes chez les mandibulates (crustacés, insectes…). Ce groupe comprend les mérostomes (limules) et les arachnides (araignées, scorpions, etc.). Seules les limules sont des animaux marins et vivant sur le fond.

Chimiolithotrophes
Métabolisme d’organismes autotrophes différant les uns des autres par la nature des réactions d’oxydation énergétiquement couplées à la réduction de CO₂. Il existe des bactéries de la nitrification des sols qui oxydent des sels d’ammonium en nitrites ou des nitrites en nitrates. D’autres oxydent soit les sulfures, soit le soufre en suspension colloïdale dans l’eau, soit les thiosulfates, et bien d’autres composés minéraux du soufre, selon les espèces biologiques. D’autres bactéries du sol oxydent les sels ferreux en sels ferriques et utilisent l’énergie libérée pour leurs synthèses.

Chloroplaste
Organite du cytoplasme des cellules eucaryotes photosynthétiques (plantes, algues). Site de la photosynthèse, les chloroplastes produise du dioxygène O₂ et jouent un rôle essentiel dans le cycle du carbone. Ils utilisent l’énergie lumineuse pour fixer le CO₂ et synthétiser de la matière organique. Ils sont ainsi responsables de l’autotrophie des végétaux.  Les chloroplastes sont le fruit de l’endosymbiose d’un procaryote photosynthétique (de type cyanobactérie) au sein d’une cellule eucaryote, il y a environ 1,5 milliard d’années.

Choline
Nutriment qui va être incorporé dans différentes molécules biologiques présentent dans notre organisme. Parmi elles, la lécithine est un phospholipide qui contient entre autre de la choline.

Chondrites carbonées
Type de météorites considérées comme les météorites les plus primitives du système solaire (leur composition élémentaire est très proche de celle du soleil). Elles sont caractérisées par leur richesse en carbone, en eau et en gaz volatiles (en particulier gaz rares).

Chromosome
Localisés dans le noyau des cellules, les chromosomes sont constitués d’ADN et de protéines. Support de l’information génétique, ils sont porteurs des gènes et se transmettent de génération en génération.

Cinétique
En chimie, la cinétique décrit l’évolution des systèmes chimiques dans le temps, le temps nécessaire au passage d’un état initial à un état final. Les lois de la cinétique chimique permettent de déterminer la vitesse propre à une réaction chimique.

Circulation thermohaline
Part de la circulation océanique due aux variations de densité de l’eau de mer provoquées à la fois par les variations de température (thermo-) et de salinité (-haline).

Cires (épicuticulaires et intracuticulaires)
Composés lipophiles formés d’hydrocarbures aliphatiques à chaîne droite avec une variété de groupes substitués. On distingue les cires épicuticulaires aux formes variées, fixées en surface de la cuticule et qui peuvent être enlevées mécaniquement, des cires intracuticulaires qui font partie intégrante de la cuticule. Elles contribuent à la forte hydrophobicité des surfaces des feuilles.

Clade
Ensemble ou groupe d’organismes dont tous les membres, si différents soient-ils devenus, descendent d’un même groupe-ancêtre commun  c’est un groupe monophylétique. Dans un arbre phylogénétique branche de l’arbre qui contient un ancêtre et tous ses descendants.

Cnidaires
Embranchement (phylum) d’animaux aquatiques (essentiellement marins) que l’on retrouve sous deux formes les polypes, lorsqu’ils sont fixés (c’est le cas du corail ou des anémones de mer), et les méduses lorsqu’ils sont nageurs.

Coagulation
Consiste à mélanger rapidement l’eau à traiter avec un (ou plusieurs) réactif(s) chimique(s) pour déstabiliser les particules colloïdales (très fines) de l’eau, pour ensuite les agglomérer sous agitation lente (floculation), afin de les décanter (ou les filtrer) plus facilement.

Coalescence
Fusion de deux gouttelettes pour en former une plus grosse.

Codante
Décrit la partie de l’ADN ou l’ARN d’un gène traduite en protéine. Représente une partie seulement du gène duquel elle provient, de même que de l’ARNm dans laquelle elle est inscrite.

Coenzyme
Molécules servant de cofacteurs dans certaines réactions catalysées par des enzymes avec lesquelles ils sont structurellement liés au sein d’un complexe stable.

Colluvions
Dépôts de bas de versants, généralement fins, mis en place par ruissellement diffus et transportés perpendiculairement aux cours d’eau ou vallons secs sur de faibles distances.

Colmatage artificiel
Technique ancienne de génie-civil qui consistait à combler des marais ou des anciens lits de rivière en y faisant décanter la matière en suspension lors d’inondations contrôlées.

Colonne d’eau
Volume d’eau situé au-dessus du fond.

Communauté écologique
Ensemble de populations d’espèces différentes, partageant certaines caractéristiques écologiques (souvent : espèces de même niveau trophique), occupant un même site ou une même région géographique. Exemples : Communauté de poissons ‘herbivores’ d’un lac alpin, communauté d’arbres d’une forêt tropicale, avifaune d’Europe.

Communautés
Ensemble d’espèces appartenant à un même groupe taxonomique ou fonctionnel en interaction au sein d’un écosystème (par exemple la communauté des plantes ligneuses)

Compactage dynamique
Technique permettant de densifier le sol  sur une profondeur inférieure à 10 m, sous les impacts d’une masse de 15 à 150 tonnes tombant de 20 à 40 m.

Complexe d’échange (ou complexe adsorbant – pédologie)
Ensemble des constituants des sols susceptibles de retenir des cations provenant de la solution du sol. Toutefois, ces derniers ne sont que momentanément fixés et demeurent échangeables. Il s’agit d’une adsorption, phénomène de surface, sans réaction chimique. Ces constituants sont surtout les minéraux argileux phylliteux et les matières organiques humifiées.

Conductivité thermique
Grandeur physique caractérisant l’aptitude des matériaux à transférer (ou conduire) la chaleur en restant au repos. La conductivité électrique est son analogue pour le transfert de l’électricité.

Conjugaison (biologie)
Échange d’ADN (en particulier de plasmides) entre deux bactéries vivantes.

Consolidation
Tassement d’un sol fin saturé subissant un chargement et correspondant à l’expulsion de l’eau qu’il contient. Cette eau en surpression due au chargement s’évacue plus ou moins rapidement selon la perméabilité du sol.

Consommateur primaire
Êtres vivants ayant besoin pour grandir et croître de consommer d’autres êtres vivants afin de produire leur propre matière organique. Ce sont des organismes hétérotrophes. Les herbivores, qui ne consomment que des plantes terrestres ou aquatiques, sont des consommateurs primaires.

Convection
Mouvement d’un fluide comme l’air ou l’eau engendré, sous l’effet de la pesanteur, par les inhomogénéités de sa densité, dues aux inhomogénéités de température ou de composition chimique (par exemple la salinité).

Cortex préfrontal (cerveau)
Partie antérieure du cortex du lobe frontal du cerveau, située en avant des régions prémotrices. Cette région est le siège de différentes fonctions cognitives dites supérieures (notamment le langage, la mémoire de travail, le raisonnement, et plus généralement les fonctions exécutives). C’est aussi la région du goût et de l’odorat.

Cortex racinaire
Du latin cortex, enveloppe, écorce. Zone externe de la racine, qui entoure le cylindre central où se trouvent les faisceaux conducteurs de sèves.

Corps noir
Corps idéal qui a la propriété d’absorber totalement les ondes électromagnétiques (dont la lumière visible) qu’il reçoit.

Corridor fluvial
Continuum écologique constitué par un cours d’eau, ses affluents et leurs annexes, de la source à l’embouchure.

Couche limite
Région très mince qui entoure tout objet solide en mouvement relatif par rapport à un fluide peu visqueux comme l’air ou l’eau.

Coupures simple-brin
Coupure d’une liaison entre deux nucléotides adjacents sur un brin d‘ un fragment d’acide nucléique.

Couvert végétal disjoint
Caractérise une zone de végétation fractionnée par des rochers, des éboulis, etc.

Cryosphère
Ensemble des parties gelées de la surface  de la Terre, en particulier la neige, la glace, et les sols gelés (pergélisols).

Cryptophytes
Organismes unicellulaires, photosynthétiques pour la plupart. Leurs chloroplastes sont limités par quatre membranes, signe d’une endosymbiose d’un eucaryote photosynthétique. Les Cryptophytes se rencontrent dans de nombreux milieux, en particulier aquatiques (milieux océaniques, eaux douces, eaux interstitielles des milieux terrestres humides). Certaines espèces sont devenues parasites intestinaux de métazoaires. Quelques-unes sont des endosymbiotes de Dinophytes.

Cténophores
Organismes marins prédateurs, hermaphrodites, de petite taille. Ils ont une vague ressemblance avec les méduses et constituent une part très importante du plancton.

Cultures associées
Cultures simultanées de deux ou plusieurs espèces sur la même surface pendant une période significative de leur cycle de croissance. Cette association est  basée sur l’hypothèse que dans un peuplement complexe de plusieurs espèces végétales, les interactions positives (facilitation, complémentarité) prennent le pas sur les interactions négatives (compétition) entre plantes.

Cuticule
Couche externe qui recouvre et protège les organes aériens des végétaux et les organes de certains animaux. Les divers types de cuticules ne sont pas homologues et diffèrent par leur origine, leur structure, leur fonction et leur composition chimique. Chez les plantes, elle est composée de dépôts successifs de cire enrobée dans une couche d’acides gras hydrophobes, la cutine. Chez les insectes, elle ne comporte pas de cellules et constitue l’exosquelette (ou squelette externe) des arthropodes.

Cutine
Substance lipidique amphiphile. C’est un polymère formé d’hydroxyacides en C 16 ou C 18 reliés entre eux par des liaisons ester. Avec les cires intracuticulaires, elle constitue la cuticule recouvrant, par exemple, les cellules à la surface de feuilles.

Cycle biogéochimique
Processus de transformation cyclique d’un élément ou composé chimique entre les grands réservoirs que sont la géosphère, l’atmosphère, l’hydrosphère, dans lesquels se retrouve la biosphère. Un tel cycle induit souvent des passages de l’état organique à l’état minéral au sein de la biosphère. Les divers cycles en interaction confèrent à la biosphère une capacité de régulation, appelée homéostasie.

Cyclone
Dépression atmosphérique profonde et de taille assez grande pour être mise en rotation par la force de Coriolis dans le sens de la rotation terrestre. Ceci inclut (mais pas exclusivement) les cyclones tropicaux particulièrement intenses, aussi dénommés ouragan (en Amérique) ou typhon (en Asie).

Cytochrome
Coenzymes intermédiaires de la chaîne respiratoire. Ils ont comme caractéristique commune d’être constitués d’une porphyrine complexée avec un atome de fer ou de cuivre. C’est cet atome qui confère au coenzyme ses propriétés oxydoréductrices en changeant de valence. Le couple oxydant/réducteur est le suivant : Fe²⁺ ↔ Fe³⁺ + e ⁻

Cytochrome oxydase
Plus précisément, cytochrome c oxydase, ou complexe IV de la chaîne respiratoire aérobie. C’est une oxydoréductase membranaire qui catalyse la réaction de réduction du dioxygène. Cette enzyme est située dans la membrane plasmique de nombreuses bactéries et dans la membrane mitochondriale interne chez les eucaryotes aérobies.

Cytochrome oxydase 1
Sous-unité 1 du complexe enzymatique de la chaîne respiratoire (abréviation COX1). Cette sous-unité est codée, contrairement à  la majorité des gènes codant les sous-unités de la cytochrome oxydase, par le génome mitochondrial. L’utilisation des séquences de COX1 permet de discriminer entre les diverses espèces animales, à l’exception des Cnidaires.

Cytokines
Ensemble de molécules polypeptidiques impliquées dans la régulation des fonctions immunitaires dont les plus connues sont les interleukines et les interférons.

Cytoplasme
Milieu intérieur des cellules. Il est constitué d’une phase riche en eau et en protéines (le cytosol) et contient des organites cellulaires (mitochondries, etc).

Cytosol
Phase riche en eau et en protéines du milieu intérieur des cellules contenue dans le cytoplasme et excluant les organites cellulaires (mitochondries, etc).

D

Décibel
Le décibel (dB), ou dixième du Bel, est l’unité de puissance sonore couramment utilisée, ainsi nommée en hommage à Graham Bell (1847-1922), scientifique écossais inventeur du téléphone. Il est égal à 20 log₁₀(p/p_réf) où p désigne la pression acoustique et  p_réf  une pression de référence fixée arbitrairement à 20 μPa (20×10^-6 Pascal, soit 0,2 milliardième de la pression atmosphérique), ce qui représente le seuil d’audition chez la plupart des humains.

Défaunation
Extinction locale ou globale des populations ou des espèces d’animaux sauvages. Cette extinction peut être fonctionnelle (l’espèce existe encore mais ne joue plus de rôle dans son écosystème)

Degré de liberté
On désigne ainsi chaque paramètre, ou coordonnée, permettant de caractériser la position d’un objet ou de son centre de gravité sur sa trajectoire.

Démogénétiques (variables)
Variables décrivant la structure et expliquant la dynamique d’une population ou espèce sur les plans démographique (effectifs des populations, structure d’âge, fécondité des femelles, taux de survie, taux de migration…) et génétique (diversité génétique, polymorphisme, liaisons entre allèles…).

Dengue
Infection virale transmise par les moustiques qui sévit dans les régions tropicales et subtropicales du monde entier. Provoque un syndrome de type grippal pouvant évoluer vers des complications potentiellement mortelles. Il n’existe pas de traitement spécifique pour la dengue.

Dessication
Action de dessécher. Élimination de l’eau, naturel ou pas, contenue dans une substance. Exemple : dessiccation du sol, d’une plante.

Diabète de type 2
Caractérisé par une hyperglycémie chronique, c’est-à-dire que le taux de glucose dans le sang est trop élevé. L’insuline qui régule ce taux de glucose dans le sang est toujours produite mais elle n’arrive plus à agir sur les organes, on parle d’insulino-résistance.

Diapause
Phase, génétiquement déterminée dans le développement d’un organisme, pendant laquelle il diminue l’intensité de ses activités métaboliques.

Diatomite
Roche sédimentaire de couleur claire formée par l’accumulation en grande quantité de frustules siliceux entourant la cellule des diatomées.

Dichotomie
Division de quelque chose en deux éléments que l’on oppose nettement. En biologie végétale, mode de ramification en deux parties à chaque niveau de croissance.

Diffusion
Mécanisme de transport de grandeurs comme la chaleur ou les constituants d’un mélange, qui tend à uniformiser la distribution de ces grandeurs.  Cette uniformisation résulte du mouvements aléatoires de molécules (diffusion moléculaire) ou de  parcelles de fluide (diffusion turbulente).

Dimorphisme sexuel
Ensemble des différences morphologiques plus ou moins marquées entre les individus mâle et femelle d’une même espèce.

Diploïdie
Propriété d’une cellule dont les chromosomes qu’elle contient sont présents par paires (2n chromosomes). Le concept est généralement à opposer à haploïdie, terme désignant la propriété des cellules avec des chromosomes en simple exemplaire (n chromosomes). Un organisme ou une partie d’organisme est dit diploïde lorsque ses cellules sont elles-mêmes diploïdes.

Distance phylogénétique
Représente un indice de similitude globale entre deux taxons. C’est la quantité d’évolution entre les séquences et leurs ancêtres. Permet de déterminer quelles espèces ont bifurqué en premier, quelles sont les dernières espèces apparues.

Dormante
Propriété d’un organisme ayant une phase de vie ralentie où la croissance, le développement sont temporairement arrêtés.

Drageon
Formé par le développement d’un bourgeon souterrain, le drageon permet une propagation naturelle de la plante qui sera ainsi reproduite à l’identique.

Drosophile
Petite mouche aussi appelée mouche du vinaigre ou mouche des fruits. En raison de sa facilité d’élevage, la drosophile est une espèce modèle dans la recherche en génétique.

Dysharmonique
En biogéographie, caractérise dans les îles l’absence ou la surreprésentation de certains groupes taxonomiques ou de certains caractères (nanisme, gigantisme, perte du vol, …)

E

Éco-espace
Représentation tridimensionnelle d’un écosystème théorique selon trois axes : étagement, mode alimentaire et mobilité des organismes.

Écologue
Travaille dans l’écologie. Le métier d’écologue consiste à étudier les relations entre les organismes et le monde environnant. Ne doit pas être confondu avec l’écologiste, qui milite pour protéger l’écologie.

Écosystème
Ensemble formé par une association d’êtres vivants (ou biocénose) et son environnement (le biotope) biologique, géologique, édaphique (le sol), hydrologique, climatique, etc.  Un écosystème est caractérisé par des interactions entre espèces vivantes et leur milieu environnant, des flux de matière et d’énergie entre chacun des constituants de l’écosystème permettant leur vie et un équilibre dynamique au cours du temps, entre pérennité et évolution.

Écosystème primaire ou ancien
Écosystème présentant un grand niveau de naturalité, sans perturbation importante (donc peu détruit et peu exploité) depuis longtemps. Le terme est surtout utilisé pour désigner les forêts primaires qui sont des forêts intactes que l’on retrouve surtout en zone tropicale comme la forêt amazonienne ou la forêt du bassin du Congo. Mais le terme peut aussi s’appliquer à des écosystèmes herbacés comme les savanes. On traduit écosystème primaire en anglais par « old-growth ecosystems ». Dans la définition anglaise on retrouve la notion d’ancienneté qui est fondamentale dans la définition de ces écosystèmes.

EDCH
Eau destinée à la consommation humaine (eau potable)

Effet de serre
Action des molécules d’une enveloppe, comme la serre d’un jardin ou l’atmosphère, qui conduit celle-ci à  absorber et renvoyer vers le sol une fraction du rayonnement thermique émis par celui-ci.

Égalitarisme
Doctrine prônant l’égalité des citoyens en matière politique, économique et sociale et revendiquant les mêmes droits, le même traitement pour tous et la redistribution égale de l’ensemble des richesses à l’ensemble des individus. Dans le cadre des inégalités environnementales, il s’agirait que chacun subisse les mêmes défaveurs environnementales (ex. redistribution des infrastructures) et jouissent des mêmes aménités (comme les espaces verts).

Éléments transposables
Séquence d’ADN, appelée parfois transposon, capable de se déplacer de manière autonome dans un génome, par un mécanisme appelé transposition. Ces séquences d’ADN mobiles constituent une part de ce qu’on appelle les séquences répétées dispersées et sont considérées comme des moteurs puissants de l’évolution et de la biodiversité.

Embâcle
Accumulation naturelle de matériaux apportés par l’eau.

Encéphalite
Maladie caractérisée par une inflammation de l’encéphale (cerveau, tronc cérébral et/ou cervelet).

Endocytose
Ou internalisation, est un mécanisme cellulaire de transport vers l’intérieur de la cellule par invagination de la membrane et enveloppement de fluides (molécules) ou de particules (virus, bactéries, etc).

Endémique
Caractérise une maladie chez l’homme dont le taux d’incidence est en général assez stable.

Endocannabinoïde (Système) ECS
Système biologique composé de récepteurs qui réagissent à la présence d’ endocannabinoïdes, des neurotransmetteurs rétrogrades à base de lipides endogènes, et aux protéines réceptrices cannabinoïdes qui sont exprimées dans tout le système nerveux central des vertébrés ( y compris le cerveau ) et le système nerveux périphérique.

Endocellulaire
Situé à l’intérieur de la cellule.

Endosymbiose
Coopération mutuellement bénéfique entre deux organismes vivants, donc une forme de symbiose, où l’un est contenu par l’autre. Au niveau cellulaire, représente les processus ayant conduit à la formation des organites (mitochondrie et chloroplaste) dans les cellules eucaryotes. Ainsi, la mitochondrie provient de l’intégration d’une bactérie, probablement une alpha-protéobactérie, au sein d’une cellule eucaryote primitive. Le chloroplaste a été formé par l’incorporation d’une cyanobactérie dans la cellule eucaryote. Ces transformations ont été accompagnées par les transferts de gènes des endosymbiotes dans les cellules hôtes et par une intégration des métabolismes.

Endosymbiotique
Caractérise une association symbiotique où l’un des organismes, appelé endosymbionte, est présent à l’intérieur des cellules de son hôte.

Entéropneuste
Classe de vers marins.

Enzootique
Caractérise une maladie chez l’animal dont le taux d’incidence est en général assez stable.

Epibenthique
Organisme vivant à la surface du substratum dans la zone de fond marin.

Epigénétique
Discipline de la biologie qui étudie les mécanismes moléculaires qui modulent l’expression du patrimoine génétique en fonction du contexte.

Epigénome
Ensemble des modifications qui interviennent dans la régulation des gènes d’une cellule.

Épiphyte
Plante non-parasite utilisant d’autres plantes comme support de croissance

Épisolum humifère
Ensemble des horizons supérieurs d’un sol qui contiennent des matières organiques et dont la succession et l’organisation sont sous la dépendance essentielle de l’activité biologique.

Équateur
Grand cercle de la Terre, à égale distance des pôles. Le Soleil y est au zénith aux équinoxes.

Équinoxes
Les deux positions de l’orbite de la Terre (et les 2 jours correspondants) pour lesquelles le Soleil est au zénith à l’équateur. Jour et nuit ont alors la même durée.

Estran
Nom, d’origine scandinave, synonyme de zone de balancement des marées.

États Alternatifs de Biome: deux ou plusieurs types de biomes peuvent apparaitre sous les mêmes conditions environnementales (sous les mêmes conditions climatiques notamment), s’ils diffèrent dans leur régime de perturbation.

Éthologie
Étude du comportement des diverses espèces animales, dans leur milieu naturel ou non.

Ethylène
C’est un gaz, de formule C₂H₄, l’éthylène est également une hormone végétale aux effets multiples. C’est la première hormone gazeuse a avoir été caractérisée.

Eucaryotes
Organismes unicellulaires ou multicellulaires dont les cellules possèdent un noyau et des organites (réticulum endoplasmique, appareil de Golgi, plastes divers, mitochondries, etc.) délimités par des membranes. Les eucaryotes sont, avec les bactéries et les archées, un des trois groupes du vivant.

Eumétazoaires
Métazoaires (animaux) supérieurs comprenant tous les principaux groupes d’animaux à part les éponges et les placozoaires (voir ce terme).

ERO (ou ROS)
Abréviation pour « espèces réactives de l’oxygène » ou ERO pour l’anglicisme « Reactive oxygen species ». Radicaux libres dérivés de l’oxygène, très réactifs et très toxiques. Mais l’abréviation ROS est couramment utilisée, même en français.

Euryhalin : se dit d’un organisme tolérant de larges fluctuations de salinité de son milieu de vie. Exemples : toutes les espèces peuplant ou fréquentant les lagunes et estuaires, telles que flets, mulets, lamproies… (Ant. : sténohalin*)

Eutrophisation
Du grec εὖ, bien, et τροφή, action de nourrir. Enrichissement des habitats aquatiques en matières nutritives (azote, phosphate, matières organiques) par les eaux usées et le drainage des champs cultivés, qui provoque un envahissement massif par des algues et des angiospermes. Le stade ultime est caractérisé par la mort d’une grande partie de la faune, à cause du manque d’oxygène.

Évaginé
Qui saillit extérieurement.

Évapotranspiration
Phénomène caractérisant l’émission d’eau vers l’atmosphère, combinant deux phénomènes : l’évaporation au niveau du sol (qui est un phénomène purement physique) et la transpiration des plantes (qui se définit par les transferts d’eau dans la plante et les pertes de vapeur d’eau à travers les stomates des feuilles).

Évolutionniste
Pensée selon laquelle les espèces évoluent au cours des âges.

Exponentielle
Se dit de la variation d’une grandeur lorsque son taux de variation est proportionnel à la valeur de la grandeur. Lorsque ce taux est positif, la grandeur augmente ainsi de façon de plus en plus accélérée par rapport à sa valeur initiale, et lorsqu’il est négatif elle décroit au contraire vers zéro.

Excitotoxicité, Excitotoxique
Processus pathologique d’altération et de destruction neuronale ou neurotoxicité, par hyperactivation par l’acide glutamique et ses analogues (tous étant des neurotransmetteurs excitateurs).

Extinction de masse
Événement relativement bref à l’échelle des temps géologiques (quelques millions d’années maximum) au cours duquel au moins 75 % des espèces animales et végétales présentes sur la Terre et dans les océans disparaissent. Depuis que la vie est apparue sur Terre, il y a eu cinq épisodes majeurs d’extinction et un sixième serait en cours.

F

Facteur de transcription
Protéine nécessaire à l’initiation ou à la régulation de la transcription dans l’ensemble du règne du vivant. Les facteurs de transcription sont des activateurs ou des répresseurs du complexe transcriptionnel constitué autour de l’ARN polymérase qui agissent en se fixant sur les séquences régulatrices en amont des gènes à transcrire.

Facteurs anthropiques
Facteurs associés à l’action de l’homme qui transforme les espaces, les paysages, les écosystèmes.

Faune sessile
Organismes le plus souvent aquatique, vivant seuls ou en colonies et définitivement fixés directement sur le substratum. C’est par exemple le cas des éponges, des coraux, des hydrozoaires, des tuniciers, des bryozoaires, etc.

Fenton (réaction de Fenton)
Réaction d’oxydation amorçant des réactions de décomposition du peroxyde d’hydrogène par des sels métalliques (Fer) afin de générer des espèces radicalaires.

Films bactériens ou voiles bactériens
Aussi appelé biofilms ; communauté microbienne marquée par la sécrétion d’une matrice adhésive et protectrice. Il se forme généralement dans l’eau ou en milieu aqueux. Les biofilms ont sans doute constitué les premières colonies d’organismes vivants, il y a plus de 3,5 milliards d’années. Avec les stromatolithes, ils semblent à l’origine des premières roches biogéniques et structures récifales.

Fixiste
Hypothèse selon laquelle il n’y a ni transformation ni dérive des espèces vivantes, pas plus qu’il n’y a de modification profonde de l’Univers.

Flagellé
Cellule ou organisme unicellulaire muni d’un ou de plusieurs flagelles, structure assurant leur mobilité.

Flavonoïdes
Du latin flavus, jaune. Métabolites secondaires des plantes partageant tous une même structure de base ; ils sont solubles dans l’eau et présents dans les vacuoles. Avec plusieurs milliers composés, les flavonoïdes constituent la plus importante catégorie de composés phénoliques chez les plantes et une famille importante de colorants naturels. Ils représentent une gigantesque famille d’antioxydants. Les flavonoïdes sont à l’origine des teintes brunes, rouges et bleues des fleurs et des fruits.

Fond géochimique
Représente la composition chimique moyenne naturelle, c’est-à-dire sans incidence anthropique, d’une formation géologique à un endroit donné. Il sert de référence à la définition d’un état « normal » d’un site.

Forb ou phorbe
Plantes herbacées à fleurs ne présentant pas de tissu ligneux, ce qui les distingue des arbustes et sous arbustes. Le terme de forb est opposé au terme graminoïdes qui regroupe les plantes herbacées sans tissu ligneux présentant un port proche de celui des graminées (c’est à dire les graminées elles-mêmes, les joncs et les carex).

Forçage climatique
Paramètre externe au système climatique qui impose une modification (temporaire) des échanges d’énergie à la surface de la Terre, ce qui entraîne un changement du climat.

Force centrifuge
Action subie par les corps en mouvement sur une trajectoire courbe, systématiquement dirigée vers le côté convexe de cette trajectoire.

Force de Coriolis
Action subie par les corps en mouvement dans un référentiel en rotation, comme une planète ou une étoile.

Forêt boréale
Forêt dominée par les conifères avec présence discrète de feuillus. En Europe, constituée de feuillus (bouleaux) et ou de conifères, elle s’étend de la Baltique à l’Oural. Au Canada, c’est la plus vaste zone de végétation, représentant 55 % de la partie terrestre du pays.

Forme d’humus
Ensemble des caractères morphologiques macroscopiques des horizons supérieurs humifères des sols forestiers (horizons O et A et leur succession), dépendant de leur mode de fonctionnement, notamment de l’activité biologique qu’ils hébergent.

Fou du roi
Hypothèse proposée par Anthony Barnovsky comme une antithèse de la « reine rouge ». Elle suggère que la transformation des espèces à l’échelle géologique est très peu induite par la compétition entre espèces mais due essentiellement au contexte abiotique. Le cas de la phalène du bouleau illustre cette hypothèse du « fou du roi ».

Fragipan
Horizon non situé en surface, de texture moyenne et pauvre en matières organiques, très compact à l’état sec et présentant une densité apparente élevée.

Fragmentés (hydrologie)
Se dit d’un cours d’eau découpé en espaces réduits et isolé par des barrières écologiques liés aux aménagements (comme les barrages), limitant son fonctionnement naturel et la continuité écologique.

Frégate
Oiseau de mer, dont le mâle possède un sac rouge vif au niveau du cou.

Fréquence allélique
Fréquence à laquelle se trouve l’allèle d’un variant dans une population. Exprimé comme une proportion ou un pourcentage. La somme des fréquences alléliques de tous les allèles d’un gène dans une population est donc par définition égale à 1. En génétique des populations, les fréquences alléliques représentent la diversité génétique au niveau de la population, ou de l’espèce.

Fréquence génotypique
Structure génétique de la population. Déterminée à partir des  fréquences  alléliques.

Fréquence propre
Tout système oscillant possède une fréquence naturelle, vers laquelle les oscillations initiales forcées de l’extérieur, quelle que soit leur fréquence, finissent par converger. Dans le cas du pendule simple, cette fréquence propre ne dépend que de sa longueur et de la gravité.

Fronde
Structure d’un organe ou d’un organisme vivant, aplati, de taille assez grande, en forme de feuille.

Fruits charnus
Par opposition aux plantes à fruits secs qui ne présentent pas de « récompense » pour le frugivore, et peuvent être dispersées de diverses manières : le vent, l’eau, par explosion du fruit, mais aussi par les animaux !

G

Gaize
Roche d’origine sédimentaire siliceuse, à grain fin, poreuse. La silice colloïdale, de type opale, imprègne les parties poreuses. Souvent fossilifère, elle peut contenir une fraction carbonatée et argileuse.

Génétique moléculaire
Branche de la biologie et de la génétique, qui consiste en l’analyse de la fonction des gènes au niveau moléculaire.

Génome
Matériel génétique d’un organisme vivant. Il contient l’information génétique codant pour des protéines. Chez la majorité des organismes, le génome correspond à l’ADN. Cependant, chez certains virus appelés rétrovirus (par exemple le VIH), le matériel génétique est de l’ARN.

Génotype
Information portée par le génome d’un organisme, contenu dans chaque cellule sous forme d’acide désoxyribonucléique (ADN). Dans la molécule d’ADN, c’est la séquence des nucléotides qui constitue l’information génétique.

Géosynthétiques
Matériaux synthétiques plans, perméables (géotextiles ou produits apparentés) ou imperméables (géomembranes) utilisés en Génie Civil. Ils peuvent assurer différentes fonctions : séparation, protection, renforcement, drainage, filtration, étanchéité, anti-érosion.

Germinale
Qualifie une lignée de cellules particulières : les gamètes. Une mutation germinale peut être transmise à la descendance.

Glace de mer
Glace issue du gel de l’eau de mer, et qui flotte à sa surface (typiquement de quelques décimètres d’épaisseur).

Glauconie
Association de minéraux argileux à haute teneur en fer, appartenant à une série dont un pôle est de type smectite et l’autre de type glauconite. Formée en milieu marin, elle se présente fréquemment sous la forme de petits grains arrondis (0,1 à 3 mm) de couleur vert foncé. Dans les sols, après une altération modérée, ces pseudo-sables se désagrègent et fournissent un matériau argileux vert.

Glaucophytes
Eucaryotes unicellulaires du plancton vivant dans les lacs, les mares ou les marécages des régions tempérées. Ils ont des chloroplastes (appelés cyanelles) de couleur bleu-vert, à cause de la présence de phycocyanine et d’allophycocyanine dans les phycobilisomes. C’est un groupe de diversité réduite.

Glycine bétaïne (aussi appelée triméthylglycine, TMG).
Le nom de bétaïne vient de la betterave sucrière d’où a été extraite la première bétaïne découverte. Les bétaïnes sont les composés zwitterioniques dont l’atome portant la charge positive ne porte pas d’atome d’hydrogène et n’est pas adjacent à l’atome portant la charge négative. Historiquement, le terme désigne les ammoniums quaternaires dérivés des acides aminés.

Glycolyse
Série de réactions catalysées par des enzymes qui dégradent une molécule de glucose (6 carbones) en deux molécules de pyruvate (3 carbones). Chez les eucaryotes, cette transformation a lieu dans le cytosol de la cellule.

Glycoprotéines
Protéines sur lesquelles des sucres sont ajoutées, ce qui leur donnent des propriétés biologiques spécifiques. Présentes, entre autre, sur les membranes cellulaires ; elles favorisent les interactions entre les cellules.

Glyoxysome
Type de peroxysome dans lequel se déroule l’oxydation des acides gras des lipides, en particulier ceux stockés dans une graine. Le saccharose produit permet d’alimenter l’embryon lors de la germination. https://fr.wikipedia.org/wiki/Glyoxysome

Gradient
Le gradient d’une quantité qui dépend de la position est un vecteur qui indique combien cette quantité varie pour un petit déplacement. Si cette quantité est par exemple l’altitude d’un terrain sur une carte, le gradient est un vecteur orienté vers le haut selon la ligne de plus grande pente, de longueur proportionnelle à la pente.

Gradients rédox
Gradient de concentration chimique entre des molécules oxydées et réduites.

Grain
Fruit sec indéhiscent, à une seule graine (autre nom : caryopse, du grec κάρυον, noix et ὄψις, apparence) ; c’est le fruit caractéristique des graminées (famille des Poacées).

Graminées en C4
Type de photosynthèse débutant par la formation d’une molécule comportant quatre atomes de carbone (C4). Ce type est adapté aux milieux chauds ou arides car il permet de limiter les pertes en eau. Ce type est très commun chez les graminées tropicales ou d’origine tropicale, telles que millet et le maïs.

Graminoïdes
Plantes herbacées, monocotylédones, majoritairement de la famille des Poaceae (graminées au sens strict), des Cyperaceae (laîches) et des Juncaceae (joncs). Elles ont une morphologie voisine du type « graminée », c’est-à-dire ayant notamment des tiges proches du « chaume », et des feuilles au limbe étroit et effilé.

Grande biodiversification ordovicienne
Période de l’histoire de la Terre pendant laquelle la biodiversité de la vie océanique a le plus augmenté. Elle intervient environ 40 à 80 millions d’années après l’explosion cambrienne. Sa durée est de l’ordre de 25 millions d’années (intervalle relativement court à l’échelle des temps géologiques), et se situe durant la partie inférieure et moyenne du système Ordovicien, datée entre 485 et 460 millions d’années.

Grand bombardement tardif
Période de l’histoire du système solaire s’étendant approximativement il y a 4,1 à 3,9 milliards d’années, durant laquelle se serait produite une notable augmentation des impacts météoriques ou cométaires sur les planètes telluriques.

Graveluche
Terme vernaculaire désignant en Champagne crayeuse une formation de pente formée uniquement de sables crayeux et de graviers de craie dont le diamètre n’excède pas un centimètre. Les sols développés sur graveluche sont différents et moins fertiles que ceux développés directement sur la craie en place.

Grèzes
Dépôts de versants formés sous climat périglaciaire par l’action du gel, constitués de petits éclats anguleux de calcaires durs (parfois de craie) bien triés (5 à 10 mm), emballés dans une matrice limono-sableuse et très calcaire. Le plus souvent, une coupe perpendiculaire aux courbes de niveau montre une structure en lits centimétriques superposés, inclinés selon la pente, certains lits plus « maigres » alternant avec des lits contenant plus de matrice limoneuse (grèzes litées). Très fréquentes en Bourgogne et en Charentes calcaires, sur des versants exposés à l’est et au sud-est. Syn. : éboulis cryoclastiques.

Groupe systématique : Ensemble d’espèces apparentées, issues d’un même ancêtre. Exemples : plantes à fleurs (angiospermes), insectes, mammifères…

Guilde
Ensemble d’espèces appartenant à un même groupe fonctionnel au sein d’une communauté

Guppy
Espèce de poissons d’eau douce tropicale très apprécié en aquariophilie.

H

Hampe florale
Tige dépourvue de feuilles et supportant une fleur ou une inflorescence.

Haplotypes
Groupe d’allèles de différents loci situés sur un même chromosome et habituellement transmis ensemble. Haplotype est un formé par la contraction de la locution anglaise haploid genotype, ou génotype haploïde. L’ensemble des gènes situés sur un même chromosome et dont les allèles ségrègent ensemble lors de la méiose constituent un haplotype. Ces gènes sont dits « génétiquement liés ».

Harmonique
On désigne ainsi tout son possédant une fréquence multiple de celle du mode fondamental, ou sous-multiple dans le cas des sous-harmoniques. Même les sons les plus purs se composent du mode fondamental et d’un ensemble d’harmoniques et de sous-harmoniques.

Helminthes
Terme générique rassemblant divers types de vers en général parasites les vers ronds (nématodes), les vers à trompe épineuse (acanthocéphales – vers « à tête épineuse») et les vers plats (plathelminthes cestodes et trématodes).

Hémiparasite
Plante puisant sa sève brute dans une plante hôte, mais produisant sa sève élaborée grâce à la photosynthèse.

Hérédité mendélienne
Hérédité basée sur la transmission d’un seul gène sous un mode dominant, récessif ou lié au chromosome sexuel X (ou Y). Se dit d’un caractère génétique à déterminisme simple, par un couple ou un petit nombre de couples de gènes.

Hétérosphère
Région située dans la haute atmosphère terrestre où les proportions des divers constituants ne sont pas uniformes.

Hétérotrophe
Qualifie un organisme (animaux, champignons, procaryotes) incapable de synthétiser lui-même ses composants et qui recourt donc à des sources de matières organiques exogènes produites initialement par des organismes autotrophes.

Hétérotrophie
Mode de nutrition caractéristique d’organismes utilisant des sources de matières organiques exogènes pour leur croissance et leur développement. Les animaux, les champignons, de nombreux protozoaires, l’essentiel des procaryotes et quelques rares plantes sont hétérotrophes.

Hétérozygote
Caractérise un organisme qui possède deux allèles différents d’un même gène sur un même locus pour chacun de ses chromosomes homologues.

Hippocampe (cerveau)
Structure du télencéphale des mammifères. Chez l’Homme et les autres primates, il se situe dans le lobe temporal médian, sous la surface du cortex faisant partie du lobe temporal du cortex cérébral. L’hippocampe appartient notamment au système limbique et joue un rôle central dans la mémoire et la navigation spatiale. Il est endommagé dans la maladie d’Alzheimer.

Histone
Protéines basiques s’associant à l’ADN pour former la structure de base de la chromatine. Les histones jouent un rôle important dans l’empaquetage et le repliement de l’ADN.

Holistique
Théorie ou conception qui s’intéresse à son objet dans sa globalité, comme le constituant d’un tout.

Holobionte
Désigne l’ensemble constitué par un organisme et les microorganismes qu’il héberge.

Homéostasie
En biologie et en systémique, l’homéostasie est un phénomène par lequel un facteur clé (par exemple, la température) est maintenu autour d’une valeur bénéfique pour le système considéré, grâce à un processus de régulation. Des exemples typiques d’homéostasie sont : la température d’une pièce grâce à un thermostat, la température du corps d’un animal homéotherme, le taux de sucre sanguin, le degré d’acidité d’un milieu, la pression interne d’un milieu, etc. Plus globalement, on désigne aussi par homéostasie la capacité globale d’un système à maintenir tout un ensemble de tels facteurs clés, notamment chez un organisme vivant.

Homéothermie
Caractéristique des espèces animales (oiseaux, mammifères) dont le milieu intérieur (sang et lymphe) conserve une température constante, quelle que soit la température du milieu extérieur, dans de très larges limites.

Homologue
Deux chromosomes ou deux gènes sont homologues s’ils s’apparient et s’excluent mutuellement à la méiose.

Homosphère
Région de l’atmosphère terrestre où les proportions des divers constituants sont uniformes. Cette région comprend la troposphère, la stratosphère et la mésosphère.

Homozygote
Caractérise un organisme qui possède deux allèles identiques de ce gène sur un même locus pour chacun de ses chromosomes homologues.

Hormone corticoïde
Les corticostéroïdes, appelés plus simplement corticoïdes, sont des hormones stéroïdiennes sécrétées chez les êtres humains par le cortex des glandes surrénales. Cette partie superficielle de la glande, en partant de la zone la plus superficielle jusqu’à la zone la plus proche de la médullaire surrénalienne, produit des substances différentes en fonction de la zone. Dans la zone glomérulée, les minéralocorticoïdes (principalement aldostérone) qui agissent sur la régulation de l’eau et du sel dans le corps (rétention d’eau et de sodium, élimination de potassium). Dans la zone fasciculée, les glucocorticoïdes (cortisol) qui ont des propriétés anti-inflammatoires et une action sur le métabolisme protidique et glucidique. Enfin, dans la zone réticulée, les androgènes, qui ont un rôle dans le développement des caractères sexuels.

Hormone corticotrope, hormone adrénocorticotrope ou adrénocorticotrophine (ACTH, Adreno CorticoTropic Hormone)
Hormone polypeptidique principalement sécrétée par les cellules basophiles du lobe antérieur de l’hypophyse et qui stimule la glande corticosurrénale. Elle est le produit de la maturation d’une prohormone, la proopiomélanocortine (POMC).

Humus (Forme d’humus)
Ensemble des caractères morphologiques macroscopiques des horizons supérieurs humifères des sols forestiers (horizons O et A et leur succession), dépendant de leur mode de fonctionnement, notamment de l’activité biologique qu’ils hébergent.

Hydrogénosome
Organite produisant de l’Hydrogène, dérivé d’une mitochondrie. On en trouve chez certains ciliés anaérobies, les Trichomonas, et les champignons.

Hydrophile
Propriété d’un composé ayant une affinité pour l’eau et tendance à s’y dissoudre. Il est également ionique. Il peut être soluble dans l’eau (hydrosoluble) ou les solvants polaires.

Hydrophobe
Propriété d’un composé « qui n’aime pas l’eau » ; il repousse l’eau ou est repoussé par l’eau. Les produits hydrophobes sont souvent lipophiles (solubles dans les corps gras ou les solvants organiques), mais insolubles dans l’eau.

Hydrosphère
Zones de la Terre occupées par de l’eau ou de la glace (océans, mers, cours d’eau, lacs, glaciers, calottes polaires et eaux souterraines). A noter que l’atmosphère contient de grandes quantités de vapeur d’eau.

Hydroxyacétaldéhyde
Molécule de structure chimique C₂H₄O_2. C’est la molécule la plus simple : elle possède à la fois un groupement hydroxyle (OH) et un groupement aldéhyde (CHO).

Hypothèse nulle
Se réfère au point de vue de base, à la position par défaut concernant un phénomène donné. En général, les hypothèses s’opposant à l’hypothèse nulle ont le fardeau de la preuve.

I

Ile océanique
Île dont le socle rocheux est lié à l’activité volcanique ou corallienne (en milieu tropical uniquement)

Immunoglobulines (Ig)
Aussi appelées anticorps. Protéines produites par des cellules de notre immunité, les lymphocytes B, en réponse à une molécule étrangère, qui peut être une bactérie. Il existe différents formes (isoformes), A, G, M…en fonction de leur rôle.

Indice glycémique
L’indice glycémique est un critère de classement des aliments contenant des glucides, basé sur leurs effets sur la glycémie (taux de glucose dans le sang) durant les deux heures suivant leur ingestion. Il permet de comparer le pouvoir glycémiant de chaque aliment, mesuré directement lors de la digestion.

Indice permanganate (oxydabilité au permanganate de potassium)
Mesure une grande partie des matières organiques carbonées présentes dans une eau, par oxydation chimique à chaud.

Inflorescence
Groupement de fleurs sur un même pied.

Insolation
Flux d’énergie solaire reçue à la surface de la Terre (exprimé en watts par mètre carré).

Intégron
Système bactérien naturel de capture, d’expression et de dissémination de gènes notamment ceux codant pour des résistances aux antibiotiques.

Interaction mutualiste
Interaction entre deux espèces à bénéfice réciproque.

Interférons
Protéines faisant partie des cytokines, elles ont une action contre tout agent pathogène (virus, bactérie et parasite) et stimulent les cellules immunitaires.

Interleukines
Protéines faisant partie des cytokines, responsables de la communication entre les cellules de l’immunité.

Interspécifique
Terme qui décrit les relations qui s’établissent entre des individus appartenant à des espèces différentes.

Intraspécifique
Terme qui décrit les relations qui s’établissent entre des individus appartenant à une seule et même espèce.

Ions
Espèce chimique électriquement chargée, atome ou groupes d’atomes, qui a gagné ou perdu un ou plusieurs électrons.

Ionosphère
Région de la haute atmosphère terrestre où l’air est partiellement ionisé et peut donc conduire l’électricité.

Irradiance solaire
Flux d’énergie rayonné par le Soleil, qui décroit avec la distance au Soleil (exprimé en W/m² perpendiculairement aux rayons).

Isolement reproductif
Mécanisme empêchant, ou limitant fortement, l’hybridation de deux espèces habitant la même région, même lorsqu’elles sont étroitement apparentées. On distingue les mécanismes qui font barrière à l’accouplement ou à la fécondation de ceux qui, intervenant après la fécondation, réduisent la viabilité ou la fertilité des œufs fécondés ou des individus hybrides qui en sont issus.

Isotope
Forme particulière d’un élément chimique. Les isotopes d’un même élément différent les uns des autres par le nombre de neutrons mais ils ont le même nombre de protons et d’électrons.

Isoxys
Un genre éteint de petits arthropodes primitifs ayant vécu au Cambrien inférieur. Sa principale caractéristique est l’existence d’une carapace pointue bivalve.

J

Jasmonate ou acide jasmonique
Phytohormone dont le rôle est de réguler la croissance et le développement de la plante. À l’image des hormones prostaglandines chez les animaux, les jasmonates sont des dérivés de cyclopentanones issus de la voie de biosynthèse des acides gras. Elles sont biosynthétisées à partir de l’acide linolénique via la voie des octadécanoïdes.

Jet stream
Expression anglaise utilisée pour désigner les quatre courants aériens à la base de la stratosphère qui circulent d’Ouest en Est autour de la Terre en suivant approximativement les parallèles situés à ± 30° et ± 60° avec de fortes fluctuations. Les jet streams polaires sont les plus intenses (jusqu’à 300 km/h) et les plus instables.

K

Karst
Structure géomorphologique résultant de l’érosion par l’eau de roches carbonatées dont essentiellement des calcaires.

Kératinocytes
Cellules majoritairement présentes sur notre peau.

Kinase
Enzymes catalysant les réactions de phosphorylation par l’ajout d’un groupe phosphate à une molécule cible à partir de l’ATP. La molécule cible, appelée le substrat, peut être une protéine, un lipide, un sucre ou encore une kinase.

L

Lagerstätten
Mot allemand, pluriel, signifiant littéralement « zone de stockage ». Correspond à des sites géologiques d’une extrême richesse en fossiles remarquablement conservés.

Lamarckisme
Mouvement relatif aux idées de Lamarck. Souvent réduit à l’idée de la transmission des caractères acquis, bien que la théorie transformiste de Jean-Baptiste Lamarck soit bien plus large que cela.

Laminaire
Se dit de l’écoulement régulier où les trajectoires de particules fluides n’ont aucun caractère aléatoire, ce qui diminue la résistance à leur avancement. Au contraire, dans un écoulement turbulent les trajectoires et les vitesses des particules fluides sont très aléatoires et les particules fluides sont freinées.

Late Embryogenesis Abundant Protein (ou protéine LEA)
Protéines présentes chez les plantes, ainsi que chez certaines bactéries et certains invertébrés, qui protègent contre l’agrégation des protéines due à la dessiccation ou aux stress osmotiques associés aux basses températures. On a initialement découvert que les protéines LEA s’accumulaient tard dans l’embryogenèse des graines de coton. Bien qu’elles soient abondantes dans les graines et les pollens, on a constaté que les protéines LEA protègent contre la dessiccation, le froid ou une forte salinité chez divers organismes, notamment la bactérie Deinococcus radiodurans, le nématode Caenorhabditis elegans, Artemia salina (crevette d’eaux saumâtres) et les rotifères […].

Leishmanioses
Maladies parasitaires provoquant des affections cutanées ou viscérales très invalidantes, voire mortelles si elles ne sont pas traitées. Elles sont dues à différents parasites du genre Leishmania, transmis par la piqûre d’insectes communément appelés phlébotomes.

Lessivage/Lixiviation
Du latin lixivia, lessive. Mouvement vers le bas des minéraux du sol entraîné par la percolation de l’eau.

Libéralisme
Le libéralisme économique classique, dont les auteurs furent passionnés par les théories de Newton sur la physique, considèrent que les êtres humains comme mus par leurs intérêts personnels et prônent le laisser-faire dans la mesure où une main invisible assure l’équilibre général. Toutefois cette approche a évolué au gré de multiples débats. La justice environnementale ressort en partie du libéralisme de Rawls. Ce dernier admet qu’il puisse exister des inégalités dans la justice sociale tant que cela favorise les plus démunis, et en même temps, fixe des conditions strictes à ces inégalités. Donc il faut pouvoir corriger les effets négatifs pour les plus pauvres de certaines mesures ou politiques.

Lichens
Organismes issus d’une symbiose entre un champignon et une algue. L’algue synthétise la matière organique à partir du dioxyde de carbone (CO₂) de l’air et du rayonnement solaire (photosynthèse). En contrepartie, le champignon prélève dans le milieu l’eau et les sels minéraux indispensables à la symbiose lichénique.

Lignage
Ensemble des descendants d’un ancêtre commun

Lignée germinale
Ensemble des cellules allant des cellules souches aux gamètes.

Ligneux (espèces ligneuses)
Catégorisation végétale intuitive qui évoque les arbres et arbustes

Lignine
Macromolécules complexes formées par la polymérisation de monomères de type phényl-propane et associées aux polysaccharides dans la paroi végétale. Présente principalement dans les plantes vasculaires, la lignine est le deuxième biopolymère renouvelable le plus abondant sur la Terre, après la cellulose. A elles deux, elles représentent plus de 70 % de la biomasse totale. La lignine est apparue il y a 380 millions d’années, au Dévonien, avec les premières plantes vasculaires que sont les Fougères et presque simultanément les premiers arbres.

Lipide
Corps gras, ce sont des molécules hydrophobes ou amphipathiques (une partie hydrophobe et une partie hydrophile). Les lipides sont caractérisés par leur insolubilité dans l’eau et par leur solubilité dans les solvants organiques non polaires.

Lipoxygénase
Enzyme qui catalyse l’oxydation des acides gras.

Lithologie
Correspond à la nature géologique d’une roche.

Lithosphère
Partie superficielle de la terre constituée de deux couches terrestres superposées : la croûte (océanique ou continentale) et le manteau supérieur rigide. Elle fait entre 60 et 70 km d’épaisseur sous les océans et 100 km sous les continents.

Locus
Pluriel loci. Position du gène sur le chromosome. En génétique des populations, ensemble des gènes homologues (classe d’homologie). Deux chromosomes ou deux gènes sont homologues s’ils s’apparient et s’excluent mutuellement à la méiose.

Lois de Mendel
Lois concernant les principes de l’hérédité biologique, énoncées par le moine et botaniste tchèque Gregor Mendel (1822-1884). http://uel.unisciel.fr/biologie/analgen/analgen_ch01/co/apprendre_ch1_01_01.html

Lipopolysaccharides
Molécules ayant une partie lipidique et une partie glucidique.

Lyssenkisme
Mouvement relatif aux idées de Lyssenko qui a conduit à la mise en place en URSS d’une politique de contrôle de la génétique et de l’agriculture. De nos jours, le lyssenkisme est régulièrement utilisé métaphoriquement pour dénoncer la manipulation ou la déformation de la méthode scientifique pour soutenir une conclusion pré-déterminée, souvent liée à un objectif social ou politique.

M

Macrophagie
Mode de nutrition d’un organisme vivant qui se nourrit de proies de grande taille par rapport à lui.

Magnétosphère
Région extérieure à la Terre où est localisé le champ magnétique engendré par cette planète.

Malate
Sel de l’acide malique, un acide dicarboxylique très répandu dans le règne végétal et naturellement présent dans les fruits, dont il contribue à la saveur agréable. Le malate est un intermédiaire du cycle de Krebs, l’une des voies métaboliques majeures de respiration cellulaire chez presque tous les êtres vivants, et intervient dans le cycle de Benson & Calvin, qui entre dans le cadre de la photosynthèse. Utilisé comme additif alimentaire, sous le numéro E296.

Marcottage
Développement de racines sur une branche enterrée qui permet la production d’un nouvel individu.

Marques épigénétiques
Modifications biochimiques, apposées par des enzymes spécialisées sur l’ADN ou sur des protéines qui le structurent, les histones. Les marques les mieux caractérisées sont les groupements méthyle (CH₃) sur l’ADN, ainsi que diverses modifications chimiques des histones (méthylation, acétylation…).

Matière inorganique
Par opposition à la matière organique qui renferme des composés organiques qui sont basés sur un squelette carboné et comportent habituellement des liaisons C-H. Dans les sols, la matière inorganique est constituée de composés minéraux provenant de la décomposition de la matière organique au cours des processus de minéralisation. Ces composés peuvent aussi être produits par la chimie.  Cependant, quelques composés simples du carbone (carbonates, bicarbonates et cyanures ioniques, les carbures, excepté les hydrocarbures) sont classés parmi les composés inorganiques.

Méiose
Processus de double division cellulaire qui prend place dans les cellules (diploïdes) de la lignée germinale pour former les gamètes (haploïdes), ou cellules sexuelles chez les organismes eucaryotes.

Mélanisme
Phénotype animal caractérisé par la couleur entièrement noire du corps (peau, plumes, poils…).

Membranes
Feuillets ou tubes, minérales ou organiques, retenant physiquement les particules et les micro-organismes par filtration directe (microfiltration, ultrafiltration, nanofiltration) ou séparant par phénomène osmotique les espèces dissoutes (osmose inverse).

Méristème
Du grec µεριστός, qu’on peut partager, divisible. Tissu végétal indifférencié, perpétuellement jeune, dont proviennent les nouvelles cellules.

Mésoclimat
Climat d’un secteur limité, un peu différent du climat général du fait d’une spécificité géographique.

Mésosphère
Partie de la haute atmosphère extérieure à la stratosphère, qui constitue la transition vers l’hétérosphère et l’espace.

Métabolisme
Ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent au sein d’un organisme, d’un organe ou d’une cellule pour permettre à l’organisme de se maintenir en vie, de se reproduire, de se développer et de répondre à son environnement.

Métabolisme cellulaire
Ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent au sein d’une cellule pour permettre à l’organisme de se maintenir en vie, de se reproduire, de se développer et de répondre à son environnement.

Métagénomique
Étude du contenu génétique d’échantillons complexes (exemple : les sols pour l’environnement, ou les selles de l’homme et des animaux). L’étude du gène codant l’ARN ribosomique 16S permet d’étudier l’ensemble du monde bactérien, toute les espèces bactériennes possédant ce gène.

Métapopulation
Ensemble de populations d’une même espèce, échangeant des migrants.

Méthodes d’analyses à haut débit
Au cours des dernières années sont apparues de nouvelles méthodes d’analyse des génomes, des protéines, etc… Reposant sur de nouvelles technologies physico-chimiques et bio-informatiques, elles permettent  des analyses en parallèle sur un très grand nombre de séquences courtes, avec des débits infiniment supérieurs à ceux qui étaient utilisés il y a quelques dizaines d’années.

Méthodes numériques continues
Les méthodes continues les plus développées en ingénierie sont des méthodes par éléments finis ou différences finies qui permettent de résoudre numériquement des équations différentielles et aux dérivées partielles. Le milieu à étudier est subdivisé en différents domaines (maillage constitué d’éléments) sur lesquels sont résolues les équations du problème. Le choix du maillage, du type d’éléments et des modèles de comportement conditionne la pertinence de la solution obtenue.

Méthodes numériques discrètes
Les méthodes discrètes sont plus récentes et issus de la dynamique des contacts ou de la dynamique moléculaire. Le milieu à étudier est subdivisé en un ensemble de particules de forme variée indépendantes qui interagissent entre elles au niveau de leurs points de contact et dont le comportement est régit par la seconde loi de Newton. Les lois d’interaction nécessitent en général peu de paramètre et permettent d’aborder des domaines d’études variés. Contrairement aux modèles continus ces modèles sont très bien adaptés aux très grandes déformations, à la fissuration et à la fracturation du milieu étudié.

Méthylglucose
Monosaccharide (glucose) portant un groupe méthyl (CH₃).

Métrique
Unité ou indicateur de mesure utilisé pour juger de l’efficacité d’une activité.

Microaérophilie
Du grec μικρός, petit, ἀήρ, air et φιλεῖν, aimer. Concentration réduite en oxygène par rapport à la teneur atmosphérique (21%).

Microbiote
Ensemble des microorganismes (bactéries, levures, champignons, virus) vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal ou végétal). Un exemple important est l’ensemble des microorganismes vivant dans l’intestin ou microbiote intestinal, anciennement appelé « flore intestinale ».

Microfiltration
Procédé utilisant des membranes capables de retenir, par filtration directe, des particules de l’ordre du micromètre (cf. membranes).

Microphage
Organisme consommateur d’aliments solides (particules) de très petite taille et doivent être absorbées en grande quantité. Les particules ingérées vont des débris organiques de quelques nanomètres aux mollusques et crevettes. Ce qui constitue une partie importante du krill dont se nourrissent les baleines.

Microsymbiote
Du grec μικρός, petit. Microorganisme vivant en symbiose (voir ci-dessous) avec un organisme plus évolué.

Mitochondrie
Organite du cytoplasme des cellules eucaryotes (plantes, algues, animaux). Site de la respiration cellulaire, les mitochondries convertissent l’énergie des molécules organiques issues de la digestion (glucose) en énergie directement utilisable par la cellule (l’ATP) au cours du « cycle de Krebs ».  Cette réaction nécessite la présence d’oxygène et libère du CO₂, elle joue donc un rôle essentiel dans le cycle du carbone. Les mitochondries ont pour origine un organisme procaryote (a-protéobactérie) intégrées dans des protocellules eucaryotes il y a 2 milliards d’années.

Mitose
Désigne les événements chromosomiques de la division cellulaire, étape du cycle cellulaire des cellules eucaryotes. C’est l’étape de duplication non sexuée/asexuée (contrairement à la méiose) des chromosomes de la cellule mère et de leur répartition égale dans chacune des deux cellules filles.

Mitosomes
Organite présent chez certains organismes unicellulaires eucaryotes, probablement dépourvu d’ADN mais doté de fonctions de biosynthèse.

Mode propre
Se dit d’un mode oscillant à la fréquence propre du système (voir fréquence propre).

Modifications post-transcriptionnelles
Ensemble des modifications qu’un ARN subit après avoir été transcrit. On parle également de maturation de l’ARN.

Mollusques
Embranchement d’animaux non segmentés, à symétrie bilatérale quelquefois altérée. Ils ont un  corps mou (d’où le nom de mollusque) composé généralement d’une tête, d’une masse viscérale, et d’un pied. Ils peuvent être pourvus d’une coquille calcaire produite par un manteau recouvrant la masse viscérale.

Moment cinétique
Le moment cinétique d’une masse ponctuelle par rapport à un axe est le produit de sa distance à l’axe par sa masse et sa vitesse projetée perpendiculairement à l’axe. Le moment cinétique d’un objet étendu est obtenu comme la somme des moments cinétiques de ses composantes. Le moment cinétique par rapport à un point, en général le centre d’inertie d’un objet, se définit comme un vecteur orienté selon l’axe de rotation.

Monomère
Constituant de base de molécules complexes. Molécule qui, par enchaînements successifs avec des molécules identiques ou différentes, donne naissance à une structure polymère. Ainsi les acides aminés forment des protéines, les oses forment des sucres complexes, les nucléotides forment des acides nucléiques.

Moraine 
Accumulation de roches de toutes tailles laissées par un glacier dans sa zone d’ablation

Motifs antigéniques
Partie de l’antigène reconnue par un anticorps ou un récepteur lymphocytaire.  Aussi nommé épitope ou déterminant antigénique. Un même antigène peut comporter plusieurs épitopes (identiques ou différents) et ainsi induire une réponse immunitaire variée.

Mucoprotéine
Protéine renfermant des macromolécules glucidiques. Présent dans les matrices extracellulaires.

Mutation ponctuelle
Mutation du génome où une seule paire de bases azotées est modifiée.

Mycorhizes
Association symbiotique entre les racines des plantes et des champignons du sol. Elles concernent plus de 95% des plantes terrestres. Elles donnent aux plantes un meilleur accès aux éléments nutritifs du sol et les aide à mieux résister aux stress environnementaux.

Mycorhizien
Relatif aux mycorhizes qui sont des associations symbiotiques entre les racines des plantes et des champignons du sol. Les mycorhizes concernent plus de 95% des plantes terrestres. Elles donnent aux plantes un meilleur accès aux éléments nutritifs du sol et les aide à mieux résister aux stress environnementaux.

N

NADH & NADPH
Sigles pour la forme réduite de deux coenzymes de structure analogue : le Nicotinamide Adénine Dinucléotide Phosphate (NADP) et le Nicotinamide Adénine Dinucléotide (NAD). Le NADP est formé à partir du NAD par liaison d’un phosphate sur le groupe hydroxyle 2′ du ribose associé à l’adénine. Ils existent chacun sous une forme oxydée, notée NAD(P)⁺, et une forme réduite, notée NAD(P)H. NADH et NADPH sont dits porteurs de pouvoir réducteur : utilisé dans des catalyses effectuées par des oxydoréductases,  ils sont capables de fournir de l’énergie lors du transfert de leur atome d’Hydrogène, permettant les réactions de réduction nécessaires au fonctionnement cellulaire.

Nanofiltration
Procédé utilisant des membranes capables de retenir, par filtration directe, des particules et espèces dissoutes de l’ordre de quelques nanomètres (cf. membranes).

Necton
Ensemble d’organismes marins dont la capacité de nage est telle qu’il peut se déplacer contre les courants (poissons, quelques crustacés, les céphalopodes, et les mammifères marins).

Nématodes
Vers ronds, non segmentés. Certains mènent une vie « libre » (dans les sols, l’eau, etc.). D’autres ont une vie parasitaire, au sein d’organismes fongiques, végétaux ou animaux.

Nématomorphes
Vers non-segmentés, au corps cylindrique, extrêmement longs et fins (en moyenne de 0.5 à 2,5 mm de diamètre pour 10 à 70 cm de longueur). Aussi appelés vers gordiens à cause de l’impression qu’ils donnent de faire des nœuds compliqués avec leur corps

Nerf vague
Également appelé nerf pneumogastrique. Il en existe deux, chacun innervant un coté du corps. Ces nerfs partent du bulbe rachidien, le haut de la moelle épinière, et innervent le cœur, les poumons et l’intestin. Les informations transmises se font de manière inconsciente (autonome).

Néopodzolisation
La podzolisation est un processus de formation de certains sols dans lequel les matières organiques, formées en milieu acide et peu actif biologiquement jouent un rôle majeur. Il y a altération des minéraux argileux par acido-complexolyse et formation de complexes organo-minéraux mobiles qui vont précipiter en profondeur.

Nitrogénase
Complexe enzymatique propre à certains procaryotes qui catalyse la séquence complète des réactions au cours desquelles la réduction de diazote N₂ conduit à la formation d’ammoniac NH₃. Cette réaction s’accompagne d’un phénomène d’hydrogénation.

Nitrophile (botanique)
Se dit d’une plante qui préfère ou exige des sols ou des eaux riches en nitrates (azote). Une plante nitrophile est aussi appelée une nitrophyte.

Niveaux trophiques
Rang occupé par un être vivant au sein d’une chaîne alimentaire. Le niveau de base de ce réseau est celui de la production primaire autotrophe, au-dessus de ce niveau, chaque maillon d’une chaîne alimentaire correspond à un niveau trophique. Le réseau trophique décrit certaines relations entre espèces (relations prédateur-proie notamment), les cycles et flux d’énergie et de nutriments au sein des écosystèmes entre producteurs, consommateurs et décomposeurs.

Nomenclature binominale
Mode de désignation scientifique des espèces animales et végétales consistant à faire suivre le nom de genre par le qualificatif du nom de l’espèce.

Noyau (atome)
Désigne la partie centrale d’un atome. Le noyau contient les protons et les neutrons serrés par l’interaction nucléaire forte et presque la totalité de sa masse.

Noyau (cellule vivante)
Dans une cellule vivante, le noyau contient le génome, constitué d’ADN et siège principal de la synthèse d’ADN (lors de la réplication pour division cellulaire) et d’ARN (pour la transcription).

Noyau (Terre)
Le noyau terrestre, constitué de fer et nickel, est situé sous le manteau de silicates, son rayon est voisin de 3500 km ; sa partie centrale à l’état solide, dont le rayon est voisin de 1250 km, est dénommée la graine.

Nucléotide
Élément de base d’un acide nucléique tel que l’ADN ou l’ARN. Il est composé d’une base nucléique (ou base azotée), d’un ose à cinq atomes de carbone, dit pentose, dont l’association forme un nucléoside, et enfin de un à trois groupes phosphate.

O

Onde
Phénomène de propagation des oscillations d’une grandeur physique, caractérisé par une longueur d’onde, une période et une célérité. Selon les mécanismes physiques d’oscillation, on distingue les ondes de gravité (les vagues), les ondes sonores, les ondes élastiques, ou les ondes électromagnétiques dont la lumière visible représente les longueurs d’ondes comprises entre 0,4 et 0 ,8 micromètres.

Onde de choc
C’est une onde sonore localisée constituant une quasi-discontinuité de pression. Elle est notamment obtenue par la superposition cohérente d’ondes émises par un objet, par exemple un avion, qui se produit lorsque la vitesse de celui-ci est supérieure à la célérité des ondes, de sorte que les ondes émises à différents instants se renforcent localement.

Onde stationnaire
Dans un milieu d’étendue limitée, comme une corde vibrante, les ondes émises quelque part se réfléchissent aux extrémités. La superposition de l’onde émise et des ondes réfléchies conduit à la formation d’une forme oscillante avec des points fixes, appelés nœuds, et d’autres où l’amplitude est maximale, appelés ventres. Cette forme oscillante qui ne se propage pas est appelée onde stationnaire.

Optimum climatique 
Maximum de température au sein d’une période

Organisme unicellulaire
Organismes vivants composés d’une seule cellule, à la différence des organismes multicellulaires. Cette appellation regroupe diverses formes de vie, notamment les bactéries et les archées, mais aussi de nombreux eucaryotes (comme certaines algues et champignons, etc..).

Organites
Structure spécialisée ayant une fonction spécifique au sein de la cellule. Par exemple, le noyau, les mitochondries et les chloroplastes sont des organites.

Osmolarité
Nombre de moles de particules « osmotiquement actives » en solution dans 1 litre de solution. Notion reliée à la pression osmotique exercée par les particules en solution, et responsable de l’osmose. Le saccharose est une petite molécule osmotiquement active alors que l’amidon est un énorme polymère de glucose osmotiquement inactif. L’accumulation du saccharose dans un compartiment entraine une augmentation de la pression osmotique dans ce compartiment, ce qui n’est pas le cas de l’amidon.

Osmorégulation
Ensemble des processus homéostatiques qui interviennent dans la régulation de la concentration en sels dissous dans les fluides internes et les compartiments cellulaires des êtres vivants. L’osmorégulation désigne aussi l’ensemble des mécanismes d’adaptation à la pression osmotique du milieu qui environne les organismes vivants.

Osmotrophie
Mode d’alimentation qui consiste à se nourrir à partir de substances dissoutes. La nutrition des organismes osmotrophes est assurée par échange transmembranaire, c’est-à-dire par diffusion d’ions ou de petites molécules au travers de la membrane cytoplasmique. Ce type de nutrition, très répandu chez les micro-organismes, est également le fait d’un certain nombre d’animaux, libres ou parasites. Il n’est possible que dans des environnements liquides (milieux aquatiques, fluides intérieurs d’animaux ou de végétaux) ou par la synthèse d’enzymes qui « digèrent » leur environnement solide.

Osmoprotecteur
Composé qui permet de rééquilibrer les pressions osmotiques et donc de limiter les effets délétères.

Osmose inverse
Procédé utilisant des membranes capables de retenir, par phénomène osmotique (inversé) sous haute (ou basse) pression, toutes (ou presque) les substances dissoutes d’une eau (cf. membranes).

Oxydant
En chimie, un élément chimique est oxydant lorsqu’il donne un ou plusieurs électrons lors d’une réaction d’oxydoréduction (voir aussi oxydoréduction et réducteur dans le glossaire).

Oxydase
Enzyme activant l’oxygène moléculaire et catalysant sa fixation sur certaines substances organiques.

Oxydase alternative PTOX
Enzyme des membranes des thylacoïdes des chloroplastes,  qui catalyse l’oxydation du pool de plastoquinone, d’où son nom d’oxydase alternative (PTOX).

Ozonation
Procédé de désinfection de l’eau et d’oxydation des polluants qui consiste à injecter un mélange d’oxygène et d’ozone (fabriqué in situ) dans l’eau à traiter.

P

Paléo-environnement
Reconstitutions environnementales des époques anciennes, en particulier à l’échelle géologique.

Palimpseste
Manuscrit constitué d’un parchemin déjà utilisé, dont on a fait disparaître les inscriptions pour pouvoir y écrire de nouveau.

Pangée
Supercontinent formé au Carbonifère à partir de la collision des continents existants à la surface de la Terre et qui a alors regroupé l’ensemble des terres émergées. Au Trias, il s’est morcelé en deux continents : Laurasia au nord et Gondwana au sud.

Pangenèse
Hypothèse inspirée d’idées très anciennes et proposée par Darwin pour expliquer l’hérédité, mais aussi la reproduction et le développement. De très petites particules  (gemmules) seraient produites par les différentes parties du corps et transmises aux organes reproducteurs. Darwin la considérait lui-même comme très spéculative et provisoire.

Parasito-faune
Ensemble de la faune parasite d’un organisme.

Parasitoïde
Organisme qui se développe sur ou dans un organisme « hôte » dans un processus à deux phases : il est tout d’abord biotrophe puis prédateur, ce qui conduit à la mort finale de l’hôte.

Parenchyme chlorophyllien
Tissu constitué de cellules chlorophylliennes comportant de nombreux chloroplastes. Siège de la photosynthèse, il participe aux fonctions de nutrition. Il représente une partie importante de l’intérieur des feuilles.

Parhélie
Phénomène lumineux dû à la réflexion des rayons provenant du soleil (hélios) sur un nuage formé de cristaux de glace.

PCR
Abréviation pour Polymerase Chain Reaction ou réaction en chaîne par polymérase. L’abréviation anglaise est passée dans le langage courant. Technique de réplication ciblée in vitro qui permet d’obtenir, à partir d’un échantillon complexe et peu abondant, d’importantes quantités d’un fragment d’ADN double brin, spécifique et de longueur définie. Chaque cycle de PCR est constitué de trois étapes : une dénaturation de l’ADN par chauffage pour séparer  les  deux  brins  qui  le  composent,  une hybridation des  amorces  aux  extrémités  de  la séquence  recherchée,  une élongation grâce  à  l’action  d’une ADN  polymérase.

Pédoclimat
Ensemble des conditions de température et d’humidité régnant dans les horizons d’un sol, variables au cours de l’année. http://mots-agronomie.inra.fr/mots-agronomie.fr/index.php/Pédoclimat

Peptide
Polymère constitué d’au moins deux résidus d’acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. Il existe une énorme variété de peptides différents.

Peptide de transit
Séquence peptidique située à l’extrémité NH₂-terminale des protéines nouvellement synthétisées dans le cytoplasme et qui permet de les adresser à l’organite spécifique (mitochondrie, etc…) où elles fonctionnent. On parle aussi de peptide d’adressage.

Peptidoglycane
Composé de la paroi des bactéries à Gram positif et à Gram négatif. Constitué d’une partie glucidique (= polysaccharide) et d’une partie peptidique. Il maintient la forme des cellules et assure une protection mécanique contre la pression osmotique.

Péridotite
Roche magmatique, de nature ultrabasique, qui constitue la majeure partie du manteau supérieur de la Terre.

Périhélie
Point de l’orbite d’une planète le plus proche du Soleil.

Période de végétation
Période où une plante pousse, se développe et se reproduit. Cette période s’oppose aux phases de vie ralentie à l’état de graine, de spore, d’organe souterrain, ou d’arbre défeuillé.

Permafrost ou pergélisol
Terme géologique qui désigne un sol dont la température se maintient en dessous de 0°C pendant plus de deux ans consécutifs. Représente plus de 20% de la surface terrestre de la planète. Le permafrost est recouvert par une couche de terre, appelée « zone active », qui dégèle en été et permet ainsi le développement de la végétation. Le dégel du pergélisol sous l’effet du réchauffement climatique a des conséquences majeures pour l’environnement relargage de méthane, libération de microorganismes pathogènes, etc.

Peroxyle
Les radicaux peroxyles (ROO^•-) sont des radicaux secondaires issus de l’oxydation de substrats organiques.

Peroxysome
Organites cellulaires, les peroxysomes sont impliqués dans la photorespiration jouant le rôle d’intermédiaires entre les chloroplastes et les mitochondries ; https://fr.wikipedia.org/wiki/Photorespiration

Perturbation
Évènement ponctuel (souvent peu fréquent) qui modifie l’état d’un écosystème.

pH
Abréviation pour Potentiel d’Hydrogène, une mesure de l’activité de l’ion hydrogène (ou proton) dans une solution. Le pH est un indicateur de l’acidité (pH inférieur à 7) ou de  l’alcalinité (pH supérieur à 7) d’une solution. Une solution de pH 7 est dite neutre.

Phagocytose
Processus permettant à une cellule d’englober puis de digérer une substance ou organisme (bactérie, par exemple) étranger.

Phase
Lors d’une oscillation sinusoïdale en fonction du temps, de la forme sin(2πt/T), où T désigne la période, chaque instant t correspond à une phase. L’écart de phase, ou déphasage, entre deux instants t₁ et t₂ est égal à 2π(t₁-t₂)/T. Il est égal à π quand t₁-t₂ vaut une demi-période, à π/2 quand t₁-t₂ vaut un quart de période, etc. Dans une variation stationnaire en fonction d’une abscisse x, de la forme sin(2πx/λ), x/λ remplace t/T, λ étant alors la longueur d’onde, ou distance entre deux crêtes. Dans une onde qui se propage avec une célérité c dans la direction x, de la forme sin [2π(ct±x)/λ], le rapport λ/c  caractérise la période T.

Phénologie
Étude des causes, mécanismes et conséquences des événements périodiques marquant le cycle de vie des espèces. Exemples : dates et déterminants du débourrage des feuilles ou des fleurs, chez les angiospermes (plantes à fleurs); dates et déterminants de la période de nidification ou de la migration automnale, chez de nombreuses espèces animales (notamment oiseaux), selon la latitude, …

Phénotype
Ensemble des caractères ou traits observables d’un individu (aspects anatomiques, physiologiques, moléculaires, comportementaux, etc.).

Phénotypique
Trait ou caractère d’un organisme vivant (aspects anatomique, physiologique, moléculaire, comportemental, etc.), qui peut être analysé. Exemple : la couleur des yeux est un caractère phénotypique.

Phosphatase
Enzyme dont la fonction est d’enlever par hydrolyse un groupe phosphate d’une molécule simple ou d’une macromolécule biologique.

Phosphoryler
Addition d’un groupe phosphate à une protéine ou à une petite molécule, telle le glucose ou l’adénine.

Phosphoénolpyruvate carboxylase
Également appelée PEP carboxylase ou PEPC, la phosphoénolpyruvate carboxylase est une enzyme de la famille des décarboxylases qui catalyse l’addition d’un anion bicarbonate HCO₃⁻ sur du phosphoénolpyruvate pour donner de l’oxaloacétate. Cette réaction est utilisée dans le métabolisme acide crassulacéen et dans celui des plantes en C4 pour isoler la Rubisco de l’oxygène afin de limiter son activité oxygénase pour favoriser son activité carboxylase, en concentrant le CO₂ dans son voisinage.

Photoinhibition
Processus par lequel un excès de lumière diminue la vitesse de la photosynthèse chez les organismes capables de l’effectuer. En cas d’excès de lumière, le NADPH créé par la chaine de transfert d’électrons des thylacoïdes ne peut pas être tout utilisé par les réactions de fixation du CO₂ du stroma, dont la vitesse est limitante. L’accumulation du NADPH crée une saturation dans la chaîne d’électrons. Les électrons ont alors tendance à réagir avec l’O₂ présent dans la cellule, pour former des dérivés réactifs de l’oxygène (Reactive oxygen species, en anglais, ou ROS), qui sont très dommageables pour la cellule, en particulier pour l’appareil photosynthétique.

Photon
Grain de lumière, ou quantum d’énergie, nécessaire à la description physique du rayonnement électromagnétique.

Photosphère
Couche externe du Soleil d’où sa lumière est émise vers l’espace. C’est  donc la partie du Soleil visible depuis la Terre.

Photosynthèse
Processus bioénergétique qui permet aux plantes, aux algues et à certaines bactéries de synthétiser de la matière organique à partir du CO₂ de l’atmosphère en utilisant la lumière du soleil. L’énergie solaire est ainsi utilisée pour oxyder l’eau et réduire le dioxyde de carbone afin de synthétiser des substances organiques (glucides). L’oxydation de l’eau conduit à la formation du dioxygène O₂ que l’on retrouve dans l’atmosphère. La photosynthèse est à la base de l’autotrophie, elle est le résultat du fonctionnement intégré du chloroplaste au sein de la cellule et de l’organisme.

Photosynthèse (types)
La photosynthèse est le processus qui permet de synthétiser de la matière organique à partir de composés minéraux (dioxyde de carbone et eau), en utilisant l’énergie lumineuse du soleil. Il existe trois types de photosynthèse chez les êtres vivants, en fonction de la manière de fixer le carbone : la fixation en C3, la plus commune, en C4* et CAM que l’on trouve chez les plantes poussant en environnement aride.

Phyllosilicates
ou silicates lamellaires : minéraux du groupe des silicates construits par empilement de couches tétraédriques de silicium et d’oxygène (SiO₄) additionnés d’aluminium, magnésium, fer, calcium, potassium, sodium et autres éléments. Exemple : Les argiles sont des roches composées principalement de silicates en feuillets (Phyllosilicates) d’aluminium, plus ou moins hydratés.

Phylogénétiquement
Adverbe décrivant le résultat d’une analyse des relations de parentés entre les êtres vivants.

Phylogénie
Étude des liens existant entre espèces apparentées. Permet de retracer les principales étapes de l’évolution des organismes depuis un ancêtre commun et d’établir les relations de parentés entre les êtres vivants.

Piedmont (zone de piedmont)
Plaine alluviale formée au pied d’un massif montagneux

Placozoaires
Métazoaires (animaux) présentant le plan d’organisation le plus simple. Ces minuscules (entre 1 et 3 mm) animaux aplatis ne présentent ni symétrie, ni bouche, ni tube digestif, ni système nerveux, ni lame basale. Ils ne possèdent pas d’organes et seulement quatre types différents de cellules somatiques.

Plancton
Ensemble des microorganismes vivants dans les milieux aquatiques (eaux douces, saumâtres et salées) et flottant au gré des courants. Souvent invisibles à l’œil nu, leur taille varie de 0,2 micromètre (0,002 millimètre) à 0,2 millimètre. On distingue le plancton végétal, ou phytoplancton, et le planton animal, ou zooplancton (constitué de gamètes, larves, animaux inaptes à lutter contre le courant comme des petits crustacés planctoniques, siphonophores et méduses). Les organismes planctoniques sont définis à partir de leur niche écologique et non selon des critères phylogénétique ou taxonomique.

Planétoïde
Petit corps céleste présentant certaines caractéristiques d’une planète. Le terme désigne des structures aussi variées que des astéroïdes, des planètes naines, des protoplanètes, etc.

Plante annuelle
Plante qui effectue son cycle de vie sur une année.

Plaque d’athérome
Plaque constituée de constituants divers (cholestérol, débris cellulaires et calcium) qui va se déposer sur l’artère et contribuer à ce qu’elle se bouche. Lorsque la plaque obstrue le vaisseau, on parle de thrombose. L’athérome est la cause dominante de la majorité des affections cardio-vasculaires.

Plante ligneuse
Plante produisant du bois (ou des tissus durs riches en lignine chez les palmiers par exemple)

Plasma (Physique)
Milieu fluide au sein duquel baignent des particules. Les gaz ionisés, ceux des tubes fluorescents comme ceux de l’ionosphère, transportent des ions.

Plasma sanguin
Partie liquide du sang, qui représente environ 55 % de son volume, dans lequel lesglobules rouges, les globules blancs et les plaquettes sont en suspension. Le plasma est composé d’eau et contient des lipides (graisses), des hormones, des facteurs de coagulation et plus d’une centaine de protéines dont la principale est l’albumine.

Plasmide
Molécule d’ADN habituellement circulaire distincte de l’ADN chromosomique, non indispensable à la survie de la bactérie, et capable de réplication autonome.

Plasticité neuronale, neuroplasticité ou encore plasticité cérébrale
Termes génériques qui décrivent les mécanismes par lesquels le cerveau est capable de se modifier lors des processus de neurogenèse dès la phase embryonnaire ou lors d’apprentissages.

Plasticité phénotypique
Capacité d’un organisme à exprimer différents phénotypes à partir d’un génotype donné selon des conditions environnementales.

Plasticité synaptique (neurosciences)
Désigne la capacité des synapses à moduler, à la suite d’un événement particulier – une augmentation ou une diminution ponctuelle et significative de leur activité – l’efficacité de la transmission du signal électrique d’un neurone à l’autre et à conserver, à plus ou moins long terme, une « trace » de cette modulation.

Podzosols
Sols très acides, caractérisés par un processus biochimique d’acido-complexolyse (altération des minéraux primaires par des solutions contenant des composés organiques acides et complexants) et par la migration d’humus et de fer vers la profondeur. Ils étaient autrefois nommés « podzols ».

Polaire (chimie)
Caractérise une molécule à l’intérieur de laquelle les charges ne sont pas réparties de manière homogène. C’est le cas de l’eau et de la plupart des composés ioniques. Les molécules polaires s’attirent mutuellement.

Polygénique
Sous la dépendance de nombreux gènes. On parle d’hérédité polygénique. Le diabète est une maladie polygénique.

Polymérase ADN
Complexe enzymatique intervenant dans la réplication de l’ADN au cours du cycle cellulaire, mais aussi dans des processus de réparation et de recombinaison de l’ADN. Les ADN polymérases utilisent des désoxyribonucléosides triphosphate, en utilisant un autre brin d’ADN comme matrice. Ce processus réplicatif utilise la complémentarité des bases nucléiques pour guider la synthèse du nouveau brin à partir du brin matrice.

Polymorphisme
Lié à des variations induites par des mutations génétiques, le polymorphisme correspond aux variations de la séquence nucléotidique de l’ADN d’un gène dans une population. Il désigne la coexistence de plusieurs allèles pour un gène ou locus donnés, dans une population animale, végétale, fongique, bactérienne.

Polysaccharides
Polymères constitués de plusieurs oses liés entre eux par des liaisons osidiques. Aussi appelés glycanes, polyosides, polyholosides ou glucides complexes. Les polyosides les plus répandus du règne végétal sont la cellulose et l’amidon, tous deux polymères du glucose.

Population
Ensemble des individus d’une même espèce et pouvant se reproduire entre eux dans un territoire donné

Population mendélienne
Population d’organismes dont l’hérédité obéit aux lois de Mendel.

Prébiotique
Se dit d’une molécule organique formée sans l’intervention d’organismes vivants. Par exemple, les expériences de Miller ont permis de fabriquer de telles molécules (acides aminées, bases azotées…). On parle de chimie prébiotique.

Préhensile
Qui a la faculté de saisir.

Pression
force agissant par unité de surface. Dans un fluide la pression agissant sur une surface est indépendante de l’orientation de celle-ci.

Pression acoustique
C’est l’amplitude maximale de la fluctuation locale de la pression atmosphérique dans un fluide soumis à un bruit quelconque. Cette pression acoustique est proportionnelle au carré de l’amplitude maximale des vibrations sonores.

Pression partielle
Dans un mélange gazeux parfait, les pressions dues à chaque composante s’ajoutent. La pression partielle d’un gaz rapportée à la pression totale est proportionnelle à la concentration (proportion) de ce gaz en nombre de molécule.

Pression partielle
Désigne la pression partielle d’un gaz condensable, comme la vapeur d’eau.  La pression de vapeur saturante est la limite supérieure de cette pression de vapeur, augmentant avec la température, obtenue par un équilibre entre vapeur et phase condensée. Cet équilibre est atteint en vase clôt ou au sein de nuages et brouillards, grâce à la grande surface de contact  de la vapeur avec les gouttelettes ou cristaux de glace.

Priapulien
Ayant la forme d’un petit pénis.

Procaryote
Micro-organismes (en général unicellulaires) à la structure cellulaire simple, ne comportant pas de noyau, et presque jamais de compartimentation interne (la seule exception étant les thylakoïdes chez les cyanobactéries). Deux des trois groupes constituant le vivant sont des procaryotes les Archées et les Bactéries.

Producteur primaire
Être vivant capable de produire de la matière organique à partir de matière minérale, par exemple grâce à la photosynthèse. C’est un organisme autotrophe, situé à la base de la chaîne alimentaire. Il est ingéré par un consommateur primaire, lui-même étant la cible éventuelle des consommateurs secondaires.

Produits PCR
Produits obtenus à partir de la réaction PCR (voir ce terme).  Ce sont des fragments d’ADN double brin.

Projection climatique
Simulation des changements de l’état moyen de l’atmosphère soumise à un (ou plusieurs) forçage (typiquement : augmentation de l’effet de serre), pendant plusieurs décennies.

Propriétés catalytiques
Capacité d’une enzyme (par exemple) à réaliser des réactions chimiques.

Protéines structurales
Protéines permettent à la cellule de maintenir son organisation dans l’espace.

Protéobactérie
Groupe important de bactéries dites Gram négatif, car elles possèdent une paroi cellulaire riche en lipopolysaccharides et pauvre en peptidoglycanes. Les mitochondries des cellules eucaryotes actuelles dériveraient d’un de ces types de bactéries les alpha-protéobactéries.

Protéolyse
Hydrolyse des protéines sous l’action d’enzymes protéolytiques.

Protistes
Microorganismes eucaryotes à organisation cellulaire dite simple, unicellulaire le plus souvent, multicellulaire parfois mais sans tissus spécialisés. Ce sont des Eucaryotes autres qu’un animal, un champignon ou une plante. Ce groupe est très hétérogène, tant du point de vue anatomique que physiologique. Certains protistes sont des organismes autotrophes (on parle de protophytes), d’autres sont hétérotrophes (appelés protozoaires) et d’autres encore sont mixotrophes comme certains dinoflagellés. Le terme « protiste » a été forgé par Ernst Haeckel en 1866, à partir du grec protestos, superlatif de protos, « premier », le biologiste plaçant dans ce taxon les organismes qu’il considérait comme les premiers êtres vivants sur Terre.

Proto
Préfixe, du grec prôtos, premier, exprimant le premier rang, la priorité. Par exemple, préfixe utilisé pour caractériser la structure qui a précédé le Soleil (proto-solaire), la Terre (proto-terre) ou même une cellule (proto-cellule).

Proto-cellule
Prototype de cellule, cellule rudimentaire.

PRPDE
Personnes responsables de la production et de la distribution de l’eau

Q

 

R

Radiation évolutive
Évolution rapide, à partir d’un ancêtre commun, d’un ensemble d’espèces caractérisées par une grande diversité écologique et morphologique.

Radical (ou espèce radicalaire)
Espèce chimique possédant un ou plusieurs électrons non appariés sur sa couche externe. L’électron se note par un point. La présence d’un électron célibataire confère à ces molécules, la plupart du temps, une grande instabilité, ce qui signifie qu’elles ont la possibilité de réagir avec de nombreux composés dans des processus le plus souvent non spécifiques, et que leur durée de vie est très courte.

Radiolarite
Roche sédimentaire à grains fins composée essentiellement de coques siliceuses de radiolaire, protozoaire planctonique actinopode vivant dans les mers chaudes. C’est la source d’une partie des jaspes.

Ramet
Clone naturel ou artificiel d’un végétal multiplié par bouturage.

Ranunculine
Glucoside produite par les plantes comme les renoncules (Ranunculaceae). Molécule très instable, elle est hydrolysée en une lactone irritante : la proto-anémonine. Cette dernière est facilement détruite par dessiccation, d’où la relative innocuité des plantes sèches (utilisées pour le fourrage). Par contre, le bétail évite de consommer les plantes contenant de la ranunculine dans les pâturages.

Rasoir d’Ockham
Principe de raisonnement philosophique, également appelé principe de simplicité ou de parcimonie.

Rayonnement
Désigne le processus d’émission et de propagation d’énergie par des particules (radioactivité) ou par des ondes, notamment électromagnétiques. Synonyme de radiation.

Réaction de formose
Mot formé par la contraction des termes formaldéhyde et aldose. Cette réaction, découverte par le chimiste russe Alexandre Boutlerov en 1861, consiste à polymériser le formaldéhyde pour former des sucres y compris des pentoses (sucres à cinq atomes de carbone). Cette réaction est importante dans les processus de formation abiotique des molécules du vivant.

Réactions d’oxydo-réduction
Réaction chimique reposant sur le transfert d’électrons entre une molécule qui s’oxyde (qui perd un électron) et une autre qui est réduite (elle gagne un électron).

Récepteurs NMDA (récepteur au N-méthyl-D-aspartate)
Récepteurs ionotropes activés dans des conditions physiologiques par le glutamate et la glycine qui sont essentiels à la mémoire et à la plasticité synaptique.

Réceptif (biologie végétale)
Caractérise l’état d’une fleur ou d’une inflorescence susceptible d’être fécondée par du pollen venant de l’extérieur.

Recombinaison homologue
Type de recombinaison génétique où les séquences de nucléotides sont échangées entre des molécules d’ADN identiques ou similaires.

Réducteur
En chimie, un élément chimique est dit réducteur lorsqu’il perd un ou plusieurs électrons lors d’une réaction d’oxydoréduction (voir aussi oxydoréduction et oxydant dans le glossaire).

Reine rouge
Hypothèse de la biologie évolutive proposée par Leigh Van Valen, qui peut se résumer ainsi : « l’évolution permanente d’une espèce est nécessaire pour maintenir son aptitude suite aux évolutions des espèces avec lesquelles elle coévolue ». Elle tire son nom d’un épisode du livre de Lewis Carroll : De l’autre côté du miroir (deuxième volet d’Alice au pays des merveilles) au cours duquel le personnage principal et la Reine Rouge se lancent dans une course effrénée. Alice demande alors : « Mais, Reine Rouge, c’est étrange, nous courons vite et le paysage autour de nous ne change pas ? » Et la reine répondit : « Nous courons pour rester à la même place ».

Reminéralisation
Consiste à redonner à l’eau une minéralisation suffisante (pour éviter notamment la corrosion) en injectant du calcium et des carbonates.

Réplication
Processus permettant d’obtenir deux molécules identiques à la molécule initiale.

Réponse phénotypique adaptative
Capacité d’un organisme à exprimer différents phénotypes à partir d’un génotype donné selon des conditions environnementales.

Reproduction végétative
Mode de multiplication permettant aux organismes végétaux de se multiplier sans reproduction sexuée. Elle génère de nouveaux individus possédant le même génome et qui sont donc par conséquent des clones, on parle aussi de reproduction clonale.

Réseau de distribution
Ensemble d’éléments (conduites, réservoirs, …) permettant de distribuer l’eau potable entre la sortie de l’usine (eau refoulée) et le robinet du consommateur (eau distribuée).

Réseau écologique
Réseau d’organismes (espèces) interdépendants, connectés par des relations de compétition, prédation, mutualisme, parasitisme, commensalisme, …, en interaction dans un même habitat ou biotope*.

Réseau trophique
Description de certaines relations entre espèces (relations prédateur-proie notamment), les cycles et flux d’énergie et de nutriments au sein des écosystèmes entre producteurs, consommateurs et décomposeurs. Le niveau de base de ce réseau est celui de la production primaire autotrophe, au-dessus de ce niveau, chaque maillon d’une chaîne alimentaire correspond à un niveau trophique.

Résilience d’un écosystème
Capacité d’un écosystème à se régénérer et à revenir à l’état de référence suite à une perturbation (c’est-à-dire à l’état avant perturbation).

Résistance d’un écosystème
Capacité d’un écosystème à persister ou à maintenir sa fonction face aux perturbations exogènes.

Résistome
Ensemble des gènes de résistance aux antibiotiques présents chez les microorganismes colonisant la planète Terre (humains, animaux, végétaux et environnement).

Résonance
On désigne ainsi le phénomène qui conduit à une grande augmentation de l’amplitude de l’oscillation d’un système lorsqu’il est soumis à une sollicitation extérieure de fréquence voisine de sa fréquence propre.

Restauration écologique
Action intentionnelle qui initie, assiste ou accélère la récupération d’un écosystème qui a été dégradé, endommagé ou détruit (SER 2004).

Respiration
Désigne à la fois les échanges gazeux résultant de l’inspiration et de l’expiration de l’air par les organismes vivants (rejet de dioxyde de carbone CO₂ et absorption de dioxygène O₂) et la respiration cellulaire qui permet, en dégradant du glucose grâce au dioxygène, d’obtenir de l’énergie.

Réticulum endoplasmique
Réseau membranaire du cytoplasme des cellules eucaryotes, essentiel au métabolisme cellulaire (synthèses de lipides et de protéines, stockage du calcium). Associé aux ribosomes, c’est le lieu de synthèse d’une part des protéines secrétées à l’extérieur de la cellule et, d’autre part, des protéines et des lipides constituant les membranes des organites cellulaires (appareil de Golgi, lysosomes, mitochondries, noyau, ribosomes, vésicules…).

Rétroaction négative
Action en retour d’un système suite à la modification d’un paramètre. Si la réponse du système atténue le phénomène, on parlera alors de rétroaction négative. Si elle l’amplifie, on parlera à l’inverse de rétroaction positive.

Rétrovirus
Famille de virus à ARN à grande variabilité génétique. Possèdent une enzyme, la transcriptase inverse, qui permet la transcription de l’ARN viral en une molécule d’ADN particulière capable de s’intégrer à l’ADN de la cellule hôte.

Révolution néolithique
Expression utilisée pour exprimer le changement profond des habitudes, des techniques et du mode de vie des hommes préhistoriques à partir du développement de la pierre polie. Au Proche-Orient, cette période commence vers 8000 av. J.-C., avec l’apparition de l’agriculture, et prend fin avec l’apparition de l’écriture.

Rhizobium
Bactéries aérobies du sol pouvant créer des symbioses avec les légumineuses. Elles se trouvent au sein de nodosités où elles vont fixer et réduire l’azote atmosphérique, qui sera alors assimilable par la plante. En échange les plantes apportent des substrats carbonés aux bactéries.

Rhizome
Tige souterraine qui porte des bourgeons de feuilles et de racines. Un rhizome peut être horizontal et plus ou moins proche de la surface, comme celui de l’iris, ou beaucoup plus profond, comme celui du liseron.

Ribose
Le ribose est un ose (sucre) constitué d’une chaîne de cinq atomes de carbone ainsi que d’une fonction aldéhyde. C’est un composant de l’ARN utilisé dans la transcription génétique. Il est apparenté au désoxyribose qui est un composant de l’ADN. Il est également présent dans de nombreuses molécules importantes dans les processus métaboliques (en particulier l’ATP ou adénosine triphosphate).

Ribosome
Énorme complexe composé d’ARN et de protéines ribosomiques, associé à une membrane (au niveau du réticulum endoplasmique granuleux) ou libre dans le cytoplasme. La fonction du ribosome est de traduire les ARN messagers (ARNm) en protéines. L’activité enzymatique du ribosome étant portée par les ARNr, le ribosome est un ribozyme. Commun à toutes les cellules (procaryotes et eucaryotes), la structure et la composition du ribosome varie selon les organismes. Chez les procaryotes et les organites cellulaires (mitochondrie, chloroplaste), le ribosome est dit 70S (S correspondant à l’unité de sédimentation dite de Svedberg) et il est constitué des sous-unités 50S et 30S. Le ribosome des eucaryotes est appelé 80S formé des deux sous-unités 60S et 40S.

Riparien
Se dit d’un environnement correspondant aux rives des rivières ; zone de transition où se développe une végétation particulière de zone humide.

Rhizodéposition
Sécrétion de composés organiques par les racines des plantes vivantes. Ces composés riches en carbone sont une source d’énergie essentielle pour les micro-organismes de la rhizosphère

Roche métamorphique
Roche ayant subi une transformation minéralogique et structurale à la suite d’une élévation de température et de pression.

ROS (ou ERO)
Abréviation pour « Reactive oxygen species » ou ERO pour « espèces réactives de l’oxygène ». Radicaux libres dérivés de l’oxygène, très réactifs et très toxiques. L’abréviation ROS est couramment utilisée, même en français.

RubisCO
Abréviation pour ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygénase. C’est l’enzyme clé permettant la fixation du dioxyde de carbone CO₂ dans la biomasse végétale en initiant le cycle de Benson & Calvin, grâce à l’énergie solaire captée par la chlorophylle au cours du processus de photosynthèse.

S

Saguaro
Cactus (Carnegiea gigantea) de très grande taille (plus de 20 m), originaire du désert de Sonora, la plus grande zone désertique de l’Amérique du Nord, situé à cheval sur l’Arizona et le nord du Mexique.

Sclérites
Agrégat dur polycristallin présent chez certains organismes, tels les invertébrés mous (cnidaires, holothuries), les arthropodes (où ils constituent l’exosquelette composés essentiellement de chitine).

Sébum
Substance produite par de petites glandes présentes au niveau de la peau. Le sébum est constitué de lipides. Il agit comme une couche protectrice sur notre peau.

Sélection sexuelle
Processus impliqué dans la sélection naturelle. La compétition entre les individus en vue de l’accouplement est un facteur de l’évolution de certains traits héréditaires. Il s’agit d’une compétition intraspécifique (entre individus d’une même espèce) et sexe-dépendante (elle s’exerce différemment sur les individus mâles et femelles d’une même population).

Services écosystémiques
Bénéfices que nous retirons des écosystèmes sans avoir à agir pour les obtenir. Les divers types de services sont le résultat des processus naturels de fonctionnement et de maintien des écosystèmes. Ainsi, les services d’approvisionnement fournissent les biens eux-mêmes comme la nourriture, l’eau, le bois et les fibres. Les services de régulation régissent le climat et les précipitations, l’eau (par ex. inondations), les déchets, et la propagation des maladies. Les services culturels concernent la beauté, l’inspiration et les loisirs  qui  contribuent  à  notre  bien-être. Les services  d’assistance  comprennent  la  formation  du  sol, la photosynthèse et le recyclage des substances fertilisantes, en l’absence desquels il n’y aurait ni croissance ni production.

Séquençage haut-débit
Regroupe de nouvelles techniques de séquençage permettant la production d’un grand nombre de séquences rapidement et à moindre coût. Elles permettent notamment le séquençage d’un mélange de séquences nucléiques présentes dans un échantillon. Cette dénomination est un équivalent francophone des terminologies anglophones telles que NGS (next-generation sequencing), HTS (high-throughput sequencing).

Seuils en rivière
Ouvrages fixes ou mobiles qui ne barrent que le lit mineur de la rivière – partiellement ou totalement – a contrario du barrage qui barre plus quel le lit mineur.

Singulet
Une molécule contient normalement un nombre pair d’électrons, car il faut deux électrons (= un doublet d’électrons) par liaison. Tous les électrons sont dits appariés. Chaque doublet est formé d’un électron dont le spin est ↑ (ou +1/2) et d’un électron ↓ (pou -1/2). Si la molécule est excitée par des photons, il peut arriver que l’un de ces deux électrons absorbe cette énergie et soit envoyé sur une orbitale extérieure de niveau d’énergie plus élevé. Cependant, le spin des électrons ne change pas lors de cet évènement. La molécule ainsi excitée se trouve dans un état singulet. Habituellement, cet état est instable et l’électron excité revient à l’état initial en moins d’une microseconde. L’énergie qu’il a reçue sera restituée soit sous forme de fluorescence, soit sous forme de chaleur.

Somatique
Les deux positions de l’orbite de la Terre (et les deux jours correspondants) pour lesquelles le Soleil est au zénith aux tropiques (jour le plus long ou le plus court de l’année).

Somatique (en biologie)
Qualifie les cellules non reproductrices, ou soma. Une mutation somatique, qui affecte un gène d’une cellule somatique disparaît avec l’individu porteur.

Somatotrope
L’axe somatotrope a pour fonction de contrôler la croissance de l’organisme via l’hormone de croissance (GH) et la somatomédine (IGF-1) qui exercent des effets sur le rythme des divisions cellulaires et permettent l’apport de nutriments aux cellules.

Sonde à vapeur 
Dispositif de forage de la glace par injection de vapeur à travers un tuyau.

Sous-produits de désinfection
Produits des réactions chimiques entre un désinfectant chimique introduit dans l’eau (chlore gazeux, eau de Javel, ozone …) et des substances naturellement présentes dans les eaux (matière organique naturelle, bromure, …).

Spéciation (en biologie)
Processus évolutif à l’origine de l’apparition de nouvelles espèces vivantes qui s’individualisent à partir de populations appartenant à une espèce d’origine.

Spéciation (chimie)
Définit le degré d’oxydation d’une espèce chimique et les différentes formes de liaisons possibles.

Spectre
En physique, ce mot désigne la distribution de l’énergie d’un rayonnement ou d’un phénomène fluctuant en fonction de la fréquence de ses oscillations ou fluctuations..

Spicule
Sécrétion minérale extracellulaire de divers groupes d’invertébrés (par exemple éponges, échinodermes). Les spicules peuvent être constitués de silice, de calcite, de chitine ou de protéines.

Sténohalin
Se dit d’un organisme vulnérable aux fluctuations de salinité de son milieu de vie. Exemple : poissons pélagiques tels que morues, anchois… (Ant. : euryhalin*)

Stipe
En botanique, le stipe est un faux-tronc correspondant à la tige robuste de plantes terrestres comme les palmiers, les bananiers, les fougères arborescentes ou encore les bananier. Il correspond aussi à la fausse tige des algues, qui est dépourvue de vaisseaux conducteurs.

Stolons
Tige rampante partant de la base de la tige principale d’une plante portant des bourgeons de feuilles et de racines qui deviendront une nouvelle plante. C’est le cas du fraisier.

Stratosphère
Région de l’atmosphère terrestre située au-dessus de la troposphère, entre des altitudes allant de 12 à 50 km, marquée par une élévation de la température avec l’altitude due à l’absorption des rayons ultraviolets. Ce profile de température lui confère une structure en couches stratifiées inhibant les mouvements verticaux.

Stress
Réponse physiologique d’un organisme aux changements de son environnement et qui a pour résultat de maintenir son état d’équilibre. Le terme « environnement » utilisé ici fait allusion à la fois à l’environnement extérieur mais aussi à celui des cellules, c’est-à-dire au milieu intérieur, représenté notamment chez les animaux par le sang, la lymphe et le liquide interstitiel. Le stress aigu est une réponse « normale » de l’organisme. État, situation d’un organisme (par exemple une plante) subissant la pénurie ou l’excès d’une ressource (eau, nutriments, lumière).

Stress oxydatif (ou stress oxydant)
Agression des cellules par des radicaux libres, aussi appelés « espèces réactives de l’oxygène » (voir ROS).  Aussi appelé stress oxydant. Les radicaux libres sont produits en permanence dans la cellule à partir d’oxygène, notamment au niveau de la mitochondrie, dans la chaîne respiratoire.

Stress salin
Stress dû à la salinité des sols.  Cette  salinité  peut  être  naturelle  ou  induite  par  les  activités agricoles comme l’irrigation (avec de l’eau de faible qualité) ou l’utilisation de certains types d’engrais.

Stromatolithes
Structures souvent calcaires qui se développent en milieu aquatique peu profond, marin ou d’eau douce. Ils sont d’origine à la fois biogénique (bioconstruits par des communautés de cyanobactéries) et sédimentaire. Le stromatolithe en tant que structure n’est pas vivant, seules les cyanobactéries qui le construisent le sont. Les stromatolithes existaient déjà il y a 3,5 milliards d’années comme le montrent des fossiles trouvés dans l’ouest-australien ; il en existe sur tous les continents.

Structural Health Monitoring
Approche de dimensionnement et de maintenance d’un ouvrage géotechnique basée sur son instrumentation. Reposant sur les technologies du contrôle non destructif, les systèmes dits SHM (Structural Health Monitoring) permettent d’anticiper les dégradations d’une structure pour éviter les accidents. Adossés à des systèmes de traitement statistiques, ils permettent aussi d’optimiser la durée de vie des produits, tout en réduisant les coûts de maintenance.

Sublimation
Transformation directe de la phase solide d’un corps à la phase gazeuse.

Subsidence
Affaissement progressif, régulier ou saccadé, de l’écorce terrestre sous l’effet d’une charge qui vient s’ajouter soit au-dessus de la croûte (eau, sédiments, volcan, calotte glaciaire, chaîne de montagnes, plaque lithosphérique…), soit à l’intérieur de celle-ci (changement de phase par métamorphisme), soit au-dessous (matériel mantellique lourd). La subsidence a d’abord été connue en surface par la géologie des bassins sédimentaires.

Succession écologique
Après une perturbation, évolution libre d’un écosystème au cours du temps, consistant en une série d’étapes devant se succéder dans un ordre défini.

Succulente (botanique)
Caractéristique d’une plante grasse, dont certaines parties sont plus épaisses et charnues que d’habitude, habituellement pour retenir l’eau dans les climats arides ou les conditions du sol. Le mot « succulent » vient du mot latin sucus, qui signifie jus, ou sève. Ces plantes sont adaptées pour survivre dans des milieux arides.

Superoxyde
Molécule d’oxygène portant un électron supplémentaire qui constitue un radical libre hautement réactif et toxique.

Surface de Compensation des Carbonates
Surface d’équilibre des mers et océans correspondant à la profondeur à laquelle la totalité du carbonate de calcium apporté depuis la surface est dissoute.

Surrénales
Les glandes surrénales sont 2 glandes situées, comme leur nom l’indique, au-dessus des reins. Chaque surrénale est composée de 2 parties : (i) une partie externe appelée la cortico-surrénale qui sécrète le cortisol, l’aldostérone et les androgènes surrénaliens et (ii) une partie interne appelée médullo-surrénale qui sécrète des catécholamines (noradrénaline, adrénaline et dopamine).

Symbiose
Du grec σύν, avec et βίος, vie. Association intime, durable entre deux organismes appartenant à des espèces différentes qui se traduit par des effets bénéfiques aussi bien pour l’un que pour l’autre. Les organismes impliqués sont qualifiés de symbiotes, ou symbiontes (anglicisme) ; le plus gros peut être nommé hôte.

Sympatrie
Signifie « même patrie », se dit pour des espèces ou des populations d’êtres vivants qui cohabitent dans une même zone géographique, favorisant ainsi de fréquents échanges entre elles.

Symplasme
Continuum intracellulaire formé par les cellules végétales par le biais des plasmodesmes qui traversent les parois cellulaires. Les cytoplasmes de cellules sont ainsi reliés et ne forment alors qu’un seul compartiment partagé par toutes les cellules.

Systématicien
Biologiste qui étudie la Systématique, science de la classification des taxons (voir ce terme). Il utilise un système permettant de les dénombrer et surtout de les classer en les organisant dans un certain ordre, sur la base de principes logiques.

T

Taïga
Formation végétale de type forestière parcourue par un vaste réseau lacustre résultant de l’érosion fluvioglaciaire. Fortement liée au climat subarctique, elle constitue l’un des principaux biomes terrestres. C’est une zone de transition entre la forêt boréale et la toundra arctique.

Taux de croissance intrinsèque (d’une espèce)
Taux de croissance d’une population de cette espèce hors régulation densité-dépendante, c.-à-d. sans compétition locale pour les ressources. C’est le taux de croissance d’une petite population de cette espèce, en expansion dans un habitat vacant.

Taxon
Unité des classifications hiérarchiques des êtres vivants. Généralement le terme est employé aux rangs spécifique (l’espèce) et subspécifique (la sous-espèce).

Taxonomique
Relatif à la taxonomie ou taxinomie, branche des sciences biologiques qui consiste à décrire les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. Généralement le terme « taxon » est employé aux rangs spécifique (l’espèce) et subspécifique (la sous-espèce)

Taxonomiste
Personne compétente en taxonomie qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons afin de les identifier puis les nommer et enfin les classer et de les reconnaitre via des clés de détermination dichotomiques.

Temps de réponse 
Délai entre une action et son effet.

Temps de résidence (hydrologie)
Durée moyenne pendant laquelle reste l’eau dans un compartiment donné. Elle est fonction de la rapidité des transferts donc du dynamisme du compartiment considéré.

Tension superficielle
Force agissant à la surface d’un liquide à la manière d’une peau élastique. En l’absence d’autres effets, la tensions superficielle tend à former des gouttes sphériques.

Tension de surface
Les molécules d’eau situées à l’interface entre l’eau liquide et l’air ne subissent pas les mêmes forces que celles situées à l’intérieur du volume d’eau. L’interface a donc une énergie potentielle plus importante, et la tension de surface est la force qui tend à minimiser l’énergie de surface du volume d’eau, et donc sa surface libre (en l’absence de forces extérieures).

Terpène, composé terpénique
Au sens strict, les terpènes sont des hydrocarbures mais de nombreux dérivés (alcools,aldéhydes,cétones, acides), de structure apparentée, ils sont considérés comme des composés terpéniques. Ils sont présents, dans les végétaux, dont ils sont souvent les constituants « de senteur » (térébenthine,camphre, menthol, citronelle) ; on les extrait sous forme d’huiles essentielles pour la parfumerie.
Certains d’entre eux ont un rôle biologique important (hormones, vitamines …).

Test (en anatomie)
Enveloppe minérale à base de calcaire ou de silice, qui a comme fonction de servir de protection à certains animaux, comme les oursins.

Thalle
Désigne l’appareil végétatif assez simple des végétaux primitifs (algues, lichens, certains bryophytes…) par rapport à celui des plantes évoluées qui présentent un cormus avec tige, racines et feuilles.

Thermosphère
Région la plus basse de l’hétérosphère, où la composition chimique de l’atmosphère perd son homogénéité. La température y croit en fonction de l’altitude, alors qu’elle décroit dans la mésosphère située au-dessous d’elle. Elle débute à une altitude de 95 km et se termine dans l’exosphère, à une altitude dépendant de l’activité solaire.

Thyréotrope (biologie)
L’axe thyréotrope contrôle la production des hormones thyroïdiennes, T3 et T4, qui exercent des effets pléiotropiques, et agissent entre autres sur le métabolisme cellulaire.

Tirage avec remise
Effectuer un tirage successif avec remise de p jetons dans une urne qui en contient n, c’est prendre un premier jeton, relever sa valeur, le reposer dans l’urne, prendre un deuxième jeton, relever sa valeur, le reposer dans l’urne, etc. jusqu’au p-ième jeton. Cela revient à choisir p objets parmi n avec répétition (on peut choisir plusieurs fois le même objet) et avec ordre (l’ordre dans lequel on choisit les objets a de l’importance). Le nombre de tirages successifs avec remise de p jetons parmi n est : n × n × … × n = np.

TMA
Triméthylamine

TMAO
Oxyde de Triméthylamine

Toposéquence et Topolithoséquence
Succession, le long d’un versant, de sols à morphologie différente, dans un certain ordre, en fonction de leur position sur ce versant. Une topolithoséquence est une toposéquence dont la cause principale de différenciation est la succession de roches ou de matériaux parentaux lithologiquement différents.

Toundra
Formation végétale discontinue des régions de climat froid, qui comprend quelques graminées, des mousses et des lichens, voire quelques arbres nains (bouleaux). La toundra se caractérise par un sol perpétuellement gelé en profondeur (permafrost). Elle couvre l’extrême nord de l’hémisphère Nord, avant le sol nu et les glaces, entre 55° et 80° de latitude.

Tourbière
Zone humide, colonisée par la végétation, dont les conditions écologiques particulières ont permis la formation d’un sol caractérisé par sa très forte teneur en matière organique, peu ou pas décomposée, d’origine végétale. C’est un écosystème particulier et fragile dont les caractéristiques en font, malgré des émissions de méthane, un puits de carbone, car il y a plus de synthèse de matière organique que de dégradation.

Tornade
Structure tourbillonnaire d’axe quasi-vertical, porteuse de vents violents et dévastateurs, souvent accompagnée d’orages. Sa rotation est souvent engendrée par un cisaillement entre des vents horizontaux de directions opposées.

Tourbillon
Domaine fluide animé d’une rotation plus ou moins intense, souvent visible dans l’eau et dans l’air.

Traitement d’affinage 
Consiste à ajouter en fin de filière classique de traitement d’eau, un ou plusieurs procédés supplémentaires qui vont affiner la qualité de l’eau traitée sur certains paramètres chimiques (matière organique naturelles, micropolluants, …) et microbiologiques (virus, parasites, …).

Traitement spécifique
Procédé qui permet d’éliminer spécifiquement une substance chimique présente dans l’eau (fer, manganèse, nitrates …).

Transduction
Transfert d’ADN d’une bactérie à une autre par l’intermédiaire d’un virus bactériophage.

Transformation
Incorporation et intégration d’un fragment d’ADN étranger libre par une bactérie.

Transposition
Déplacement autonome dans un génome d’une séquence d’ADN nommée transposon, sous l’action notamment d’une enzyme, la transposase.

Transposon
Séquence d’ADN capable de se déplacer de manière autonome dans un génome par transposition.

Trapps du Deccan
Empilement de coulées de lave sur plus de 2000 mètres d’épaisseur situés en Inde. Ils se sont formés il y a 60 à 65 millions d’années et pourraient être impliqués dans la crise Crétacé-Tertiaire qui a notamment vu disparaître les dinosaures non aviens.

Trichomes
Fines excroissances ou appendices à la surface des feuilles, des tiges ou des racines. On peut citer comme exemple les poils, les poils glandulaires et notamment urticants. Structures d’adaptation aux conditions environnementales, les trichomes contiennent des substances répulsives qui jouent un rôle importants dans les réactions de défense de la plante face aux insectes ou autres prédateurs.

Trihalométhanes (THM)
Sous-produits de désinfection par le chlore gazeux ou l’eau de javel, résultant de réactions chimiques entre l’oxydant « chlore » et la matière organique dissoutes présentes (naturellement ou pas) dans l’eau.

Trilobite
Classe d’arthropodes marins fossiles ayant existé durant le Paléozoïque (ère primaire) du Cambrien au Permien. Les derniers trilobites ont disparu lors de l’extinction de masse à la fin du Permien, il y a 250 Ma.

Triose, triose phosphate
Monomères de glucides, oses, possèdent au moins 3 atomes de carbone. Les trioses, comme la plupart des oses libres servant d’intermédiaires dans les réactions du métabolisme, le font sous la forme d’esters phosphate de leurs alcools primaire : on parle de triose phosphate. La première molécule fixée à l’issue du Cycle de Benson, Basham et Calvin, lors de la photosynthèse dans le stroma des chloroplastes est un triose phosphate.

Triplet (état triplet)
Une molécule contient normalement un nombre pair d’électrons, car il faut deux électrons (= un doublet d’électrons) par liaison. Tous les électrons sont dits appariés. Chaque doublet est formé d’un électron dont le spin est ↑ (ou +1/2) et d’un électron ↓ (pou -1/2). Dans certains cas, le spin de l’électron s’inverse pendant le court instant où l’électron se trouve excité sur son orbitale extérieure. Les deux électrons de l’ex-liaison ont alors le même spin et le spin total est égal à 1. Un tel état est dit triplet. Il n’est pas très stable non plus, mais sa durée de vie est plus longue que celle de l’état singulet, jusqu’à plusieurs secondes. Le retour à l’état fondamental se fera en restituant l’énergie soit sous forme de chaleur, soit par phosphorescence. (voir aussi état singulet)

Trophique
Adjectif relatif à la nutrition d’un individu, d’un tissu vivant.  Concerne les relations entre espèces (relations prédateur-proie notamment), les cycles et flux d’énergie et de nutriments au sein des écosystèmes entre producteurs, consommateurs et décomposeurs. Le niveau de base de ce réseau est celui de la production primaire autotrophe, au-dessus de ce niveau, chaque maillon d’une chaîne alimentaire correspond à un niveau trophique.

Tropiques
Grands cercles de la Terre, perpendiculaires à son axe de rotation, situés aux latitudes où les rayons du Soleil sont au zénith une seule fois dans l’année (au solstice). Actuellement situés aux latitudes de 23,4ºN (tropique du Cancer) et 23,4ºS (tropique du Capricorne).

Troposphère
Région la plus basse de l’atmosphère terrestre, entre le sol et une altitude qui varie de 7 à 8 km aux pôles à 15 km à l’équateur, marquée par une décroissance linéaire de la température en fonction de l’altitude (en moyenne 6,5 °C par km).

Trypanosomiases
Infections dues aux parasites trypanosomes.

Turgescence
État cellulaire associé à l’élongation de la cellule végétale ou animale dont les vacuoles ou les vésicules sont en pleine expansion causée par une entrée d’eau dans cette même cellule.

Typage moléculaire
Techniques de laboratoire, telles que le séquençage du génome entier, qui permettent de classifier et de comparer des séquences.

U

Ubiquinone
Molécule appartenant à une famille de composés qui se distinguent par leur nombre n d’unités terpéniques — n typiquement compris entre 6 et 10 — présents chez tous les êtres vivants et jouant le rôle de transporteurs d’électrons dans la chaîne respiratoire. Le coenzyme Q10 (CoQ10, ou plus simplement Q10), également connu sous le nom d’ubiquinone, est une 1,4-Benzoquinone pour laquelle Q fait référence au groupe quinone et 10 au nombre d’unités isopréniques dans sa chaîne latérale.

Ubiquitination
Modification post-traductionnelle d’une protéine substrat par fixation covalente d’une ou de plusieurs protéines d’ubiquitine (8 kDa) sur la protéine substrat. Cette modification biochimique permet la dégradation de la protéine ubiquitinée par un complexe enzymatique le protéasome.

Ultrafiltration
Procédé utilisant des membranes capables de retenir, par filtration directe, des particules de l’ordre de plusieurs dizaines de nanomètres (cf. membranes).

Utilitarisme
Système de morale et d’éthique qui considère l’utile comme principe d’action principal. Une politique moralement juste est celle qui produit le plus grand bonheur des membres de la société. A ce titre si un projet est utile au plus grand nombre, il ne peut être remis en question par les effets subis par une minorité car ils constituent un moindre mal.

V

Variance
Dans un échantillon d’individus chez lesquels on a mesuré un trait donné, la variance est la différence entre la moyenne du carré des valeurs et le carré de la moyenne des valeurs. Cette mesure, toujours positive, indique la dispersion des individus.

Vent solaire
Flux de particules, notamment des protons, des électrons et quelques noyaux d’hélium, issu du Soleil, et dont la partie dirigée vers la Terre est détournée par le champ magnétique terrestre.

Vers priapuliens
Vers ayant la forme d’un petit pénis.

Vibrofonçage
Action d’introduire un outil dans le sol par une action simultanée de vibration et de fonçage.

Vie endogée
Communauté d’organismes vivant sous terre, par opposition aux espèces épigées qui germent ou vivent à la surface du sol.

Virome
Ensemble des génomes d’une population virale, retrouvés dans un organisme vivant ou dans un environnement.

Virus endogène
Virus dont le génome a été intégré dans le génome de leur hôte (c’est-à-dire endogénisé) et transmis verticalement dans les populations hôtes.

Vitalisme
Doctrine philosophique qui pose l’existence d’un principe vital distinct à la fois de l’âme pensante et des propriétés physico-chimiques du corps, gouvernant les phénomènes de la vie (définition d’André Lalande).

Viviparité
Mode de reproduction où la germination des graines se produit alors qu’elles sont encore dans le fruit accroché à la plante-mère.

Voies oro-pharyngée
Les voies oro-pharyngées englobent les voies aériennes et digestives supérieures, c’est à dire les cavités buccales et nasales.

Voile bactérien
Aussi appelé biofilm ; communauté microbienne marquée par la sécrétion d’une matrice adhésive et protectrice. Il se forme généralement dans l’eau ou en milieu aqueux. Les biofilms ont sans doute constitué les premières colonies d’organismes vivants, il y a plus de 3,5 milliards d’années. Avec les stromatolithes, ils semblent à l’origine des premières roches biogéniques et structures récifales.

Vorticité
Néologisme provenant du latin « vortex » (tourbillon), utilisé pour désigner l’intensité d’une structure tourbillonnaire, qu’elle soit isolée comme une tornade, ou mêlée à d’autres comme une structure turbulente. La vorticité représente la vitesse angulaire de rotation locale des particules fluides.

W

 

X

Xylophage
Organisme vivant dont le régime alimentaire est composé principalement de bois. Les insectes dits xylophages, comme les termites, ne peuvent digérer seuls cellulose et lignine. La présence (soit dans le substrat, soit dans leur tube digestif ou dans le bois) de champignons ou de bactéries symbiotes est indispensable à l’assimilation du bois par les xylophages.

Y

 

Z

Zooplancton
Plancton animal. Il se nourrit de matière vivante, certaines espèces étant herbivores et d’autres carnivores.

Zooxanthelles
Algues symbiotiques unicellulaires vivant au sein des anémones de mer.